馬公水上警察官吏派出所，位於馬公市的一處衙署建築，
目前登錄為澎湖縣歷史建築。
日治初期的為第二代建築（左側圓塔建築），
後因建築物的木構體不敵蟻害及氣候潮濕，使建物嚴重而改建。
明治28年（1895），日軍攻佔澎湖後，臺灣總督府於澎湖馬公設置
水上警察署，並負責水上警務取締；翌年警察署下設有水上警察分署於媽宮
城南町，並在明治31年（1898）正式為「水上警察官吏派出所」。
大正15年（1926）6月，澎湖廳自高雄州分離，
警務課則在澎湖地區設馬公、望安二支廳，支廳長為警部，
下設監視區，區長則由巡查部長擔任，並由23個警察官吏
派出所分別管理，因此水上警察署前後曾隸屬於
澎湖廳、澎湖郡或馬公支廳管轄，
但基本上其制度未有太大的變動。
水上警察官吏派出所所執掌的工作範圍，
除了包含警備、警邏及船舶臨檢之外，該所還擁有一艘小蒸汽
發動的汽船，能夠在馬公港區進行巡邏及海上臨檢的工作。
管轄區域則為馬公港區域及澎湖列島一周，
另外有小案山、虎井嶼、桶盤嶼等地區。
昭和六年（1931）4月24日，澎湖廳長大竹勇發表「式辭」、
馬公街長三浦光次發表「祝詞」後共同主持警察官吏派出所
第三代廳舍的落成典禮，昭和12年（1937）管轄馬公市南區部分的
「馬公南警察官吏派出所」（今啟明派出所）
與水上派出所使用同棟廳舍廳舍辦公。
戰後3月馬公警察所改為分局，
水上警察官吏派出所改為港口分駐所，
其中在民國40年代（1950）則另作為警務宿舍使用，
民國56年（1967）港口分駐所裁撤，員警併入啟明派出所編制，
1970年代之後，該處週遭成為南甲漁民出海捕魚的交易場所，
同時也是漁民眷屬等待漁船返航或休憩的空間，
建築物後則長期閒置致使遭受損。
2005年，澎湖縣政府警察局相關單位
著手修建建築修復工程，並在同年11月完竣，
後在行政院文化建設委員會指導補助經費後，
則作為澎湖警察文物館開放參觀，
2018年，警察文物館將警察官吏派出所廳舍歸還予澎湖縣
政府文化局使用，並移往五德人力訓練中心展示，
2019年，警察官吏派出所廳舍則作為「澎湖水下考古工作站」
之清朝澎湖水師館，再度開放民眾參觀。
當前尚存的水上警察官吏派出所廳舍為
昭和5年（1930）完工的第三代建築，
外觀為簡化的現代主義建築，建築物格局平面採L型配置，
中央棟為二層樓高，能夠觀望港口情況的觀測空間。
兩翼部分則為一層之磚造建築。
中央主入口處採切角處理，且利用洗石子的裝修線條，
營造出石造立面的粗獷之感。
並於正立面設計西方古典語彙的泥塑裝飾。
與二樓長方形開窗形成協調的整體立面外觀，
另外西側區域則設有二戰建造之防空洞。
