日本政府於1895年6月18日設立總督府台灣醫院，次年改稱
台北醫院（即是臺大醫院的最早前身）。
1897年4月，台北醫院設立「醫學講習所」，招收學生30名，
於當年4月12日開始上課，這是台灣現代醫學教育的肇始，該講習所
即是臺大醫學院的最早前身。
1899年4月台灣總督府醫學校正式成立，醫學校成立時，
招生的對象是由各地方長官推薦，無須考試，
直到1903年，台灣已有公學校（小學程度）畢業生，
才開始舉辦醫學校的入學考試，分設台北、台中、台南、台東4
個考區，由醫學校教師親自至各考區舉辦考試，招收公學校畢業生，
初期入學的學生均由政府提供經費（即公費生制度）。
總 督 府 醫 學 校是 當 時 唯 一 的 專 門（職業）教育學校，
採取預科1年、本科4年的學制，學生的臨床實習較為困難，由於
台北醫院的住院病人主要是日本人，而日籍病人拒絕接受台籍學生實習，
因此需由教師帶領學生至艋舺仁濟院，
以該院病人為對象進行臨床實習。
後來，醫學校建立「教學用病患」的制度，由學校編列經費支付給台北
醫院提供做為教學的病人，臨床實習才獲改善。
1905年開始，醫學校改以日本赤十字社醫院台灣支部病院（簡稱日赤醫院）
為實習醫院，台北醫院改為參觀醫院，仁濟院改為精神科的實習場所。
臺大藥學系(以下稱本系)於1953年成立，
也是臺灣第一個成立的藥學系，成為培養國內高級
藥學專才之搖籃，迄今已逾一甲子。
臺大舊藥學館之館址，前身為臺灣總督府醫學校實習醫院
日赤醫院的第六病房，於1936年拆除，重建為RC結構淺色面磚的
二層樓房，作為藥理學教室，並於1937年6月15日完工，
為臺北帝國大學臺大藥學系舊館：
建於1937年，原臺北帝大醫學部「藥理學教室」，
1953年藥學系成立時，
臺大醫學院院長杜聰明將其做為藥理學辦公室。
位於臺大醫學院國際會議中心前方，面臨徐州路，
因位於國際會議廳工地上，向北方平行位移但將原建築物180度轉向，
使建築物入口由原北側轉向南側，
與臺大醫學院國際會議廳入口相對。
由於畢業校友的傑出表現，社會大眾都能高度肯定，
也讓該系能繼續前進， 繼續培育藥學專業人才。
該系師資也從個位數大幅增加已近30位專任教師；
從藥學系舊館、基醫大樓、到現在的藥學大樓「水森館」…….
此大樓為傑出校友許照惠博士所捐建，
展現過去歷任系主任、老師們、及系友對於母系的
無私付出與回饋。
