高雄港車站為臺灣鐵路管理局縱貫線、屏東線、第一臨港線上的鐵路車站，現已裁撤。
目前原站場與站房由高雄市政府認養，站房部分已整理為打狗鐵道故事館，
委託中華民國鐵道文化協會經營。
在縱貫鐵路開始興建之前，由日軍興建的「臺灣陸軍補給廠輕便鐵道」路線便已鋪設到現在哨船頭第一船渠附近，
並在當地設立「臺灣陸軍補給廠打狗辦事處」。
後來在1889年，為配合縱貫鐵路南部線興建，由「臨時臺灣鐵道鋪設部」（臺灣總督府交通局鐵道部前身）
接收這條輕便鐵道的「打狗－臺南」段，以便由打狗港運送興建縱貫鐵路南部線的材料。
第一代打狗停車場興建於1900年3月，位置為鹽埕埔車路頂，山下町十七番地，大約在今天的鼓山一路87巷口一帶。
隨著縱貫線「打狗—臺南」段在1900年11月29日通車，打狗停車場正式開始營運，
1907年鳳山支線(屏東線通車，打狗停車場同時成為鳳山支線起點。
第一代打狗停車場腹地受制於打狗山與後壁港河道，離高雄港也尚有一段距離，轉運不便。
臺灣總督府交通局鐵道部便在1904年6月到1907年8月填埋供新站場使用的埋立地（3萬8千多坪），
之後在1908年進行車站南遷工程。
1908年5月5日完成站場整備後，第一代打狗停車場在1908年6月1日開始拆除。
第二代打狗停車場則在1908年9月15日完工，其位置在今天站房的北邊，正對著臨海三路。
1920年隨著臺灣行政區劃改制，打狗改稱高雄，站名遂從打狗停車場、打狗驛更名為高雄驛。
考慮過去因財政因素而採取的速成主義，導致臺灣總督府所轄的鐵道體質不佳。在1926年生野團六擔任臺灣總督府
交通局長後，一改昔日態度，對臺灣交通建設提出了一連串的改善計畫。
其中鐵道部提出以700萬改善基隆、臺北、高雄三站的計畫，
然而因為財政因素，最後高雄驛的改善僅以50萬預算通過。
同時高雄與臺南之間的複線工程也逐步推進，於1933年9月複線工程完工。
1930年代，高雄市逐漸發展，1910年代開發的舊市區（今哈瑪星與鹽埕區）已經趨近飽和，
高雄州遂於1936年發表「大高雄都市計畫」，該計畫除將高雄市定位成重工業都市（尤以軍需工業為重點）外，
也計畫在新的市區中心設置「高雄新驛」，由內而外為商業區、住宅區與工業區，並以設計作為貨運輸送骨幹
的環狀鐵路（今高雄臨港線）作為市區界線。
興建於大港埔的新高雄驛於1941年6月22日開始營運，而原本的第二代高雄驛則改稱高雄港驛，主要辦理貨運。
當時縱貫線上的客運列車改停新車站，貨物列車停舊車站，但潮州線客運列車仍會開到舊車站，
後來潮州線客運改使用單輛汽油車行駛後，可在高雄港驛直接調頭轉向，
繼續經山下町、田町、舊城等站開至臺南。
第二次世界大戰期間，由於整個大高雄被劃為「要塞地帶」，高雄港驛等重要設施禁止攝影，
要發行風景明信片譯得先經過審閱後才能發行。
而隨著戰況惡化，臺灣的鐵路運輸也逐漸受到影響。
當時由高雄港驛鄰近高雄港等重要設施，遭到美軍大幅轟炸，車站、軌道設施近乎全毀，
第二代高雄驛站房全被燒毀，扇形車庫也遭重創。
二次大戰後1947年4月重建現存站房，南、北號誌樓依原建築稍加改建。
1967年第一臨港線全線通車；木造前鎮車場設立。1968年停辦屏東線客運業務，專辦貨運。
1970年6月中島車場設立。1973年前鎮車場加強為磚造建築。
1993年：高雄港務局將高雄港站內的扇形車庫索回拆除。
1995年11月拆除屏東線高雄港站至三塊厝站間軌道，同時拆除位於愛河上高雄川橋。
此後列車要由高雄港站開往高雄站只能經由鼓山站再轉往高雄站。
2002年7月31日蓬萊線拆除。
2002年9月20日高雄港站與高雄車站被市府登錄為歷史建築。
2009年起，打狗驛古蹟指定聯盟展開文化保存運動。
2010年6月15日高雄市政府將臨海二路打通至七賢三路工程（臨海新路）完工通車，
高雄港站站內的腹地從此被切割成兩塊。
2010年10月24日利用高雄港站閒置站房整理而成的「打狗鐵道故事館」開館，
館內展出相關鐵道文物，
目前由高雄市政府文化局委託中華民國鐵道文化協會營運。
