花蓮車站原位於今中山路、重慶路交叉路口（花蓮鐵道文化園區）。
1979年新站開業，座落在原住民稱為「tasutasunan」（達蘇達蘇湳
部落，意指沼澤之地）的國富、國聯里。
1897年1月，臨時臺灣鐵道隊開始探勘東部的花蓮港地方鐵路路線，
後續由臺灣總督府鐵道部（現今臺灣鐵路管理局前身）於1910年2月1日
開始建設花蓮港至璞石閣（今玉里）的鐵路。
璞石閣以南的路段是由當時台東開拓會社建設臺東(今臺東舊站)
至里壠（今關山）的鐵路，於1919年12月16日通車。
最初的舊花蓮車站首設於1910年，當時還是日治時期，
故名為「花蓮港驛」，該年台東線第一線動工是從花蓮港驛
至璞石閣（現稱為玉里車站）。
1910年代，東台灣的貨物運輸仰賴航運配合鐵路，
當年的花蓮港位於花蓮溪與美崙溪之間（南濱附近）
有一條「舊海岸線」是從「花蓮港驛」通往位在港口的「海岸驛」。
後來，在1939年花蓮北濱重新建築港口—東花蓮港（現花蓮港），
同年9月20日自花蓮港驛至東花蓮港驛共計4.0公里的鐵道完工，
稱之為「舊花蓮港線」，
也就是我們現在講述「臨港線」的主要路段。
之後舊海岸線由於功能萎縮，於1941年廢止，
這段1.1公里的鐵道已於1982年拆除，現無遺跡。
1945年台灣光復，花蓮港驛正名為花蓮車站
（後稱為舊花蓮車站，現為花蓮鐵道文化園區），
東花蓮港驛則正名為花蓮港站，並沿用至今。
1977年12月1日，東線鐵路拓寬工程處成立，開始辦理路線拓，
並於1978年7月1日開始展開工程。
1980年2月1日北迴線通車至現今花蓮新站位置。
為了提升臺東線的行車效率及部份路段改善，
交通部鐵道局自2009年3月起展開〈花東線鐵路瓶頸路段雙軌化
暨全線電氣化計畫〉工程。電氣化工程於2015年竣工，
瓶頸路段雙線化工程則於2018年7月10日竣工。
2014年1月3日立法院三讀通過之後，
花蓮新站於2014年7月19日升格為特等站。
配合花東新車站運動，花費6億9千萬元改建為跨站式車站，
並於2014年6月12日動工，
而新跨站式站房已於2018年10月3日進行站體切換，
第一階段之站體也在當天啟用，
而後續工程在2019年8月23日竣工驗收。
花蓮車站，為北迴線終點站及臺東線起點站，
加上近年國人、外國人來東部旅遊風氣日盛，舊有的站體
漸已無法負荷大量的人潮。
現在的站體採用跨站式，以空橋打通前後站的新車站動線，
並將原有售票處、進站動線移到空橋。
一樓的空間變成寬敞的車站廣場，
外觀構想以迎賓傘的概念設計，呼應山的意象。
候車室空間利用大量玻璃窗及挑高的天花板，
一改過往壅擠的候車空間。
跨站式的空橋也成為商店街坐落的位置，
雖然後站並沒有重新設計，但從後站一樓上到空橋時，
能看到以立體彩繪藝術的「洄瀾鯨奇」，
應對了海的意象。
花蓮火車站這個位於青山綠水中，
背後有著大山、藍天的自然景觀車站，其建築採半戶外式設計，
四面開闊，可觀賞景色且通風，並將車站還原成大自然中的亭子，
把地方氛圍與特色自然滲入。
依據車站建築及環境空間特質分析，
一層花園大廳廣場是一個具有想像力的空間，
為最適合設置公共藝術之區域，
在既有棚架設計具有視覺指標的前提之下，
公共藝術突破傳統形式，
以花園大廳鋪面設計延伸運用，
表現建築、藝術、環境間對話之張力。
