明永曆十五年（1661）鄭成功率軍攻台，登陸鹿耳門，
結束荷蘭在台卅八年的殖民統治。
清康熙廿三年（1684），水師提督施琅攻克東寧明鄭，
台灣於是列入中國的版圖，設置一府三縣，隸屬福建。
笨港當時屬於諸羅縣。
康熙卅九年，外九庄與笨港街官民合建笨港天妃宮，
不久，縣治也從佳里興（今台南縣佳里）移至諸羅山社（今嘉義市）。
而距今溪北村不遠的土獅仔庄聚落就設有官建糧倉（見諸羅縣志） 。
此種愈加發達的現象，迄康熙未年，笨港之地即有「小台灣」之稱。
雍正九年（1731），福建總督以笨港所在「煙戶繁多，姦良莫辨」的理由，
在此設笨港丞署（分縣）以利查拏巡緝，維護治安。
乾隆廿五年（1760）全面解除「三禁」政策，以玫此時期移民來台者呈倍數的成長。
乾隆廿九年（1764），牛稠溪、溪北一帶，隨著人口激增，官方正式設置牛稠溪堡；
而稍北的笨港街市也因烏溪洪患，溪流改道，沖開市街，一分為二，
而分設笨港北堡與笨港南堡。
自此大笨港地區在行政系統上逐「鼎立三」之局，此時己露現端倪。
溪北地區雖僻處鄉野，位不在港埠要衝，卻是笨港外九庄地域的中心點。
因位居牛稠溪（牛朝溪）之北濱，古來即稱「牛稠溪」。
「溪北六興宮正三媽廟」就在此時創建。
而創建者正是有清一朝，台灣本土人物居官最高者｜
閩浙水師提督一品太子太保王得祿將軍。
明治卅七年(1904)、
明治卅九年(1906) 兩次連續的大地震造成人員死傷、
房舍倒塌和國土橫遭蹂躪。因震央都在本區域，
故笨港三大媽祖廟無一倖免，殿宇幾近全毀。
經劃數年，王得祿大人九房長孫王順記與在庄人士等出資，
聘請全台寺廟建築權威陳應彬大師於大正初期（約1914）重建本宮於現址，
為三開間建築，分前、後兩殿。
宮內奉祀王提督自湄洲奉請來台正三媽。
因系出湄祖廟正統三媽，得以名之。尊貴靈驗非凡，
故本稱「溪北六興宮笨港開台正三媽廟」。
目前為縣定古蹟………
