據《代天府沿革碑》誌，清康熙末年，漳州府居民結伴渡臺，發現台江東畔有一形若鯉魚之小嶼，
嶼背有沙丘如魚鰭，鯉魚尾部開叉，中有深溝，船筏可自由出入，是天然的漁港；且淺處可養蚶蛤，深處可捕魚，
遂建寮定居於此，名曰「蚶寮山仔」。
清領中葉，因庄民常年遭受水災沖毀魚塭，內海逐漸陸浮但鹽分太重不利農作，
部分居民往南移墾山仔寮（今龍山村）、中寮仔（今中寮村）等聚落時，
為有所區別，則改稱此地為「頂山仔寮」，稱後來拓墾的山仔寮為「下山仔寮」。
聚落內部的陳姓宗族支脈很多。
最早移入從事漁業的漚汪陳姓農夫，應該是其中一脈。而較重要的一脈，是原籍漳州府的陳教（1703─1774），
陳教在清雍正11年（1733），奉三山國王由「蔴荳堡舊埕」移入，並在乾隆年間陸續圍墾聚落東南方的「合記魚塭」
（俗名「貓耳魚塭」）達百餘甲。
陳教原籍漳州府龍溪縣28都劉瑞保玉江上社，在清雍正11年（1733），奉三山國王由「蔴荳堡舊埕」移往，
陳教生文通、文曉、傳宗3子，長子文通（1750─1802）傳嚴光、清耀、清晏、福順、爵5子，為頂山仔「陳姓五房祖」；
而文曉、傳宗的後裔族系較為混亂。
今庄內的三山國王宮，原址（頂山村81號）即為來臺祖陳教派下的「祖厝」，
陳姓宗族於民國70年（1981）原地改建為今貌，陳姓仍稱祖厝。
陳姓之後又陸續有張、吳、鐘、林、杜等各姓移入。
頂山仔聚落庄民原大多以養魚為業。
日昭和12年（1937）「南鹽社」的鹽業開發（南區），聚落條件及庄民生活發生重大變化。
據〈頂山村沿革〉，南鹽社強力徵收庄民魚塭500甲，改闢為鹽田，庄民大部分改以承攬鹽田維生，
僅有少數較富有者離庄發展，承租畸零魚塭地繼續養魚者亦為少數。
也開始陸續有外地鹽工遷入，自成一小聚落。
在日治末期進行鹽業開發之前，庄民出入聚落僅利用魚塭的土堤，若遇下雨泥濘不堪，對外交通相當不便。
而拜鹽業開發之賜，今聚落的聯外路徑，皆在日治末期開闢：向東可至佳里鎮、向西可往青鯤鯓。
戰後庄民向政府陳情，要回南鹽社未開發為鹽田的魚塭地，繼續從事虱目魚養殖。
即便如此，戰後村落附近仍有紅蝦港塭、公港塭、潭尾塭、大坪塭、四和塭等魚塭，大多飼養虱目魚，
總面積超過400甲，無論質或量，頂山村養殖的虱目魚曾居全臺之冠。
在鹽業停工後，鹽民紛紛遷出聚落，人口大量衰退。鹽業公共設施如鹽民衛生室、鹽警
碉堡等皆逐漸成為廢墟。
村內原有頂山國小，民國90年（2001）8月因招生人數不足被降為後港國小頂山分校，
民國97年（2008）8月正式廢校。
七股地區為因應氣候的特殊建築形式，聚落的民居雖然座向大約一致，但是民居的排列方式卻是迂迴錯開的，
使巷道蜿蜓在民居之間的前後左右，巷道的曲折狹窄，主要自的在分散風力、阻斷飛沙，避免冬季季風長驅直入，
創造如同鹿港九曲巷「十月風沙飛不入，九天霜雪凍難侵」、「曲巷冬晴」的功能。
此種曲折狹小的巷道，在台潭村、中寮村、頂山村、西寮村都可看到。
此外，增建前外牆的「包巷路」民居，是本區建築最具地方特色者。
本區的傳統建築為達防風的目的，多於屋簷下方增建一道磚牆（前外牆），這道牆可防止傳統屋簷下因受風面積大，
而被強風掀起整個屋頂的災難；這道牆也可為房屋正面多一道抵禦強風、沙塵、鹽害的防線。
因在前外牆與前簷牆之間形成一條巷路，居民們稱之為「包巷路」民居。
屋頂的處理，亦是七股地區住家建築型態的特色，如女兒牆與鎮壓腳踏磚，
本區建築年代較晚近的「出步起」形式，不
再以「包巷路」的方式防風，而改採用女兒牆來鎮壓屋簷，免於被強風掀飛。
由於出步起民居較慢出現，女兒牆的形式也較富變化，
這也形成頂山地區民居的特色………
