清水巖祖師廟與艋舺龍山寺、大龍峒保安宮，並稱<臺北三大廟門>。奉祀清水祖師，傳說甚多，
根據文獻記載，清水祖師，又稱麻章上人、蓬萊祖師、烏面祖師、落鼻祖師、清水真人和昭應大師。
誕生於宋朝福建永春縣，俗姓陳，名應，也名昭。
根據記載：祖師，本名陳昭應，河南開封祥符縣人。
其祖上征契有功，歷封鎮疆撫布政，崇信佛教，訓子弟以忠孝報國，大亂從遷南渡，移居閩南之
泉州安溪。祖師卜居清水巖，墾田訓民。因其精通醫理，遂為鄉民治病傳揚佛法，因為嘗試藥草，
數次中毒而致使面貌變為黑色，故又稱為<烏面祖師>
其信徒後幫從朱元璋滅元，太祖追念陳昭應公，功在家國，敕封為<護國公>，詔命於福建省安溪縣
建立祠堂崇祀，因此安溪人尊稱為祖師公，祠曰<祖師廟>，其生前隱居於清水巖，故稱<清水祖師>
從小出家，初居六雲寺，後獨往高泰山，持戒自修，為求明師，特走大靜山，參拜明松禪師門下。
三年終於悟道，明松授予衣缽，並告之曰：
<我佛最大功德，莫如行仁，所以要捨棄萬緣，務以利物濟世為職志>
因遷麻章，遵照師訓，施醫濟藥普救貧病，凡經祖師診治的人沒有不奏效痊癒的，當地人士尊為上人
，即其別號<麻章上人>的由來。
相傳原萬華祖師廟的祖師爺神像，每逢天災地變，或疫病流行前夕，祖師爺的鼻子會掉落，以示警告
後來中法戰爭爆發，淡水人請去祖師爺神像為我軍助陣，及勝，以為祖師爺法力無邊，竟拒絕歸還神像
，艋舺人無奈，只得另刻一尊神像，艋舺人和淡水人也因此成了世仇。
現在淡水祖師廟中，仍供奉著這座神威顯赫的<落鼻祖師> 的祖師爺神像。
清水巖祖師廟始建於乾隆五十二年(1787),嘉慶二十二年重修,咸豐三年毀於<頂下郊拼>
同治六年(1867)重建, 其後屢經翻修,迄今大體上保持著原有廟貌
原有後殿,因毀於火災,迄今未建,僅存正殿及三川殿
清水巖組師廟三川殿呈現清代同治年間之特色, 富有拙氣
兩側牆面有雕磚作品,表現除麻姑獻壽等題材,
嘉慶丁丑年桐月吉旦 信女陳門李氏 陳門黃氏仝敬奉
同治己巳年瓜月立 本邑監生 蘇樹謀 森祺仝敬獻 (磚刻)
正殿龍柱為一佳構….
大清同治七年歲次戊辰荔月吉旦 本邑卓元武功閤姓眾弟子再敬奉 (龍柱)
三川殿入口楹聯….
為清水為蓬萊此地並分法界 是金身是鐵面入門便見真容
嘉慶二十二年 總理翁有來 翁有麟敬立
本邑軍功職員翁瑞玉 翁種玉敬奉
有古匾楹聯數件,包括舉人<陳維英><詹正南>及<魏緝熙> 等人題楹 :
光緒三年戊戌梅月吉旦 慈雲慧日
□□□□□□□□ 劉鳳岡
同治戊辰仲冬吉旦 功在拯濟 即是清水 □□□□□□□
同治庚午年九月 蒲室棠玉 臺北?□□□巴圖魯補用游擊□□□□□□
清五濁以覺人燈傳馬祖 水凡功而潤物鉢出龍師
大清同治七年戊辰佛生日 鄉進士孝廉方正四品花翎
內外史官淡蘭主講宗裔 維英敬撰並書
封藏鬼洞來裂竹大幛羅漢松猶留佛蔭
度登仙橋去药砧丹臼袈裟石爭訪師型
同治七年季冬敬立 宗裔維英敬題 生員楊克彰敬書
本清水岩名淡水寺 闢艸萊地造蓬萊山
同治七年戊辰冬 舉人詹正南撰敬書 詹姓諸弟子敬獻
清淨圓通即菩提源追六祖
水泡形影同幻夢果證大師
前署永福縣儒學教諭舉人 魏緝熙敬撰並書
清淨現光明共仰世尊佛祖 水旱消灾阨立呼風伯雨師
生員魏統勳薰沐敬書
新崇驅邪法耀蓬萊垂日月 興靈致雨功彰淡水並乾坤
大清同治七年戊辰閏四月吉旦 鄭姓弟子宗周 芳滿等獻
佛是祖師我先人已稱弟子 巖幻清水此淡北好溯源流
大清同治七年戊辰閏四月吉旦 例授修職郎林逢原敬撰 生員黃希文敬書
清水榮光遠紹清溪輝淡北 祖師妙化羣欽祖術濟江東
大清同治七年戊辰佛生日重建 生員黃希文敬書
清水流長共沐恩波揚艋舺 祖師廣宏開靈聖蹟自蓬萊
大清同治七年戊辰錫月穀旦 本邑職員廖廷龍 率男生員春魁敬撰並書
清風明月此淡裨心澄似水 祖義本仁而濟世德大稱師
同治戊辰年冬立 歲貢生宗裔宅仁敬題並書
此地即蓬萊山是二是一 引人入蓮花界計萬計千
同治戊辰仲冬 儒官王濟源敬撰並題
日治時期曾充為學校，後來也曾設立州立二中，即今成功中學前身，在台北教育史上亦有重大意義。
