根據清徐文儀《續修台灣府志》所云：< 乾隆間彰化縣土番社學十九所，其中南投堡南投街南投社
一所，北投堡北投埔庄北投社一所> 其後受彰化文風影響, 遂將社學改為義塾,之後又陸續改為書院
位於北投堡北投埔內的即為今草屯境內的<登瀛書院>, 而位於南投街內的即為此一<藍田書院>
<彰化縣志>有記: <文昌帝君祠….一在南投街外(道光十一年,生員張作雲等捐建)>
又根據<臺灣通史>記載:
<藍田書院,在雲林縣轄南投街道光十一年南頭縣丞朱懋,延請南北投,水沙連兩堡士庶議建書院,
乃以生員曾作雲,管俊升等董其事.十三年成…同治三年五月, 紳士吳聯輝重建,兵備道丁日健
題曰”奏凱崇文”,以戴潮春之役方平也…光緒十年,聯輝之子(吳)朝陽又修之…>
據考證:道光十一年建築地點為今藍田街北側, 同治三年重遷建至藍田街(今南投分局後)
日治初期，兵荒馬亂，明治二十九年（1896）遂罹兵燹，焚毀右廡，後經曾長茹倡募修復。
正殿安奉文昌帝君聖像，前祀<先聖尊神位> 旁祀<紫陽朱夫子神位>，每逢九月例行祭祀。
明治三十一年（1898）五月，右翼廂房三間，依政府指示，曾充為臺中國語傳習所南投分教場，
同年十月改作<南投公學校分校> 以及師生宿舍。明治三十五年(1902）遂將書院捐給<南投公學校>
大正元年(1912）日方當局施行市區規劃，基地被變更用途，因與道路及水溝工程衝突致無從使用。
大正四年(1915）由林文智首倡，向南投堡民募捐，並得南投公學校資助，重建書院於現址(文昌街）
大正六年（1917）三月竣工落成….即現在的藍田書院大殿部份
1935 年太平洋戰爭爆發,書院日漸荒廢。至民國34年臺灣光復，書院被來台軍眷佔住，
又無人管理，已荒廢至甚。
民國46年由南投鎮長<吳振福>及地方士紳等，協議收回書院大殿，同時募款整修改建三川殿
民國48年三月竣工，迎回文昌帝君元靈，並增奉祀大成至聖先師孔夫子於正殿，香煙逐漸鼎盛。
民國74年十一月，經內政部指定為國家三級古蹟。
現殿中存有古匾數方, 前埕院中亦有古碑記數個見證歷史的衍變…..
道光壬寅穀旦 天上文衡 藍田書院重建 眾紳士同立
同治甲子年端月穀旦 文明氣象 重建藍田書院 眾紳士同立
乙丑春月內番埔將營南投印荷 □□□□□□ 祠宇落成題額誌感
奏凱崇文 欽命□□□臺澎督學使者 皖江 丁日健敬立
藍可染乎仝青黃赤白黑絢出文章錦繡 田宜耕也本仁義禮智信培成秋實春華
新建南投藍田書院碑記 (略) (仿作)
道光拾壹年拾月穀旦
總理 生員 曾作雲 管俊升 董事 柯占魁等仝敬立
重修南投藍田書院碑記 (略)
道光乙未年冬月吉旦
總理生員 曹和中 張春華 董事 監生□□□等 敬立
今三川殿新葺完成, 配色極為華麗又不失莊重, 殿內幽靜清祥,時有學子焚香虔禱
