善行寺原名「善行堂」，建於明治四十一年(1908)，由地方人士
洪士、劉益、楊玉、陳掽頭、陳意少、鄭典、陳等七人集資合建，
而被稱為「七家」，管理人為洪士，各人在捐出園地店舖後於陳天扶
之宅地設一簡陋佛堂。
後洪士死後無人繼承致使佛堂荒廢。
大正六年(1917)港口人江仔司招集信眾，將善行堂的佛像及
骨灰重新整理，並借用黃祖厝崇榮堂重整規模。
大正十二年地方人士楊水灌、陳忠、楊竹川等人發起，
邀請黃深淵、陳極、鄭根、黃相等共同組成善行堂籌建委員會，
共同推舉蕭瓏區長兼金唐殿管理人黃深淵為主任委員兼會計，
並聘出身佳里的名僧惻淨法師為住持，
邱溪主持會務兼管金唐殿，委員會並決議遷建善行堂。
大正十三年元月新殿落成，仿以邱溪主持堂務。
昭和十九年(1944) 納入日本佛教系統。
善行寺創建於清道光16年（1836），由蕭壠地區之龍華派諸齋友創立，
善行堂第一代開山劉普洲、陳普在、洪普郎、蔡普草、羅普草、鄭普謨等6人，
發心於蕭壠堡武將陳合千總之後院庭園（今佳里中山公園西) 捐建「善行堂」。
日治初期「齋堂」因籌建「北門神社」被徵拆除。
其後幾經輾轉，大正12年（1923），惻淨法師變賣祖產籌金重建，
善信陳忠、楊水灌、楊竹川等人，邀請黃深淵、陳極、鄭棖、黃相等
共同組成「善行堂籌建委員會」，共同推舉佳里庄長黃深淵兼金唐殿主任委員，
並聘惻淨法師主持會務兼管理金唐殿，委員會並決議「金唐殿」後殿
空地永久存續且無償供給「善行堂」為建築基地。
隔年「善行堂」新殿（大士殿）落成，空間上東為金唐殿正殿、
三寶殿，西則為「善行堂」等三落建築，成為融合佛教、道教信仰特殊
的寺廟建築，其後更名為善行寺。
1941年，由惻淨和尚創辦「私立南薰幼稚園」，
該校是北門郡第一間保育園，
當時有三名老師，學生約百餘名，
至日本發動太平洋戰爭時結束停辦。
日治末期，日本當局對台灣實施皇民化運動，對宗教方面之統治也不例外，
到處拆除台灣民間傳統廟宇，焚毀神像。
1944年乃命善行堂納入日本佛教系統，
地方先賢善信大德為確保金唐殿聖蹟長存，
即改善行堂為金唐山善行寺。
金唐殿由善行寺負責管理。
自此金唐殿、龍華派齋堂始歸納入佛教。
善行寺為閩南式三合院建築，正殿為疊斗式架構，
木作彩繪為麻豆街大師黃矮作品。
伸手為穿斗式架構，木形山牆，屋脊為大脊，且脊堵肚上立有
釉泥陶的八仙塑像及「壽」字鏤空花磚、彩磁。
佛寺少見將八仙立像，八仙象徵「福、祿、壽、喜」寓意呈祥。
屋頂出檐以斗栱出挑架於六角檐廊柱。
正廳的三關六扇玻璃門，
兩側各為四片木格扇，板面格芯採格形玻璃窗。
次間開木製八角窗，牆身、臺度（呈幾何形）為洗石子面。
左右伸手開三關六扇，身牆泥臺度飾洗石子，
屋頂採傳統仰合瓦。
寺方保存諸多文物，保存至今的上百件古文物中，
有日治時期重建寺廟的藍晒圖、僧人百年前使用的竹編箱、
台灣第一家民營印書店刻印的經書等，
非常稀有罕得一見……
造訪之時因逢午休時間，
正廳未能入內參觀。
