該廟的出現與金廣福墾拓有關，應是道光十五年之後。
據傳該宮所祀的觀音菩薩，原為粵籍墾首姜秀鑾自大陸奉迎而來。
當他與閩人周邦正合組金廣福開墾時，將神像攜入北埔，建一小寮奉祀。
由於開墾之初，與原住民爭戰屢有傷亡，墾民隘丁都會前往禱祝，祈求平安順利。
其後番害漸息，姜秀鑾乃於道光二十年(1846)改建為木造廟宇供奉，同年底姜秀鑾也逝世，享壽63歲。
此時的北埔與月眉兩庄田園開墾已達千餘甲，人口有千餘戶，市街形成，
北埔也在道光末年已經完成一座有城門與刺竹圍成之聚落。
慈天宮從初創迄今，依劇文獻可徵之記錄，迭有興修，
其中以姜秀鑾之長孫姜榮華於同治13年(1874)的大改建為主，增築兩廊與前殿，成為「兩殿兩廊兩橫屋」格局。
並且約在此年前後，該宮也並祀天上聖母與觀音菩薩，以後配祀諸神越多。
這種諸神合祀的情況，對慈天宮而言，正是淡化了閩粵墾民祖籍界限。
日人據台後，慈天宮部份曾做新竹國語傳習所北埔分校場使用，不久又改為北埔公學校教室用，
直到數年後，姜義豐墾號另捐贈校地才遷校，才恢復廟宇功能。
光復後，續有若干修繕，其中以民國60年全面修建，成為今日的面貌。
慈天宮是北埔民間信仰與社群活動的具體表現，每年7月14日，慶祝中元，燃放水燈，熱鬧非凡。
中元普渡又各庄輪流，以姜義豐家族擔任總爐主，每年爐主則固定由姜義豐、何合昌等七家族輪流擔任，
六年一輪。慶祝規模之盛大，為其他地區少見。
廟內有數支雕有龍盤之石柱，甚為特殊，廟前有一對獅子，亦為石雕，極具特色。
三川殿立面以砂岩雕刻為主要特色，步口檐廊的石雕蟠龍柱及中門石獅座極為古樸，
尤其左右蟠龍均採升龍造型，為台灣廟宇少有的做法。
廟內木作精彩，特別是吊筒上具有翅膀的飛天仙人豎材，頗值玩味。
另外，
廟內的二組二十四孝石柱，雕工流暢而有韻味，
亦為全台廟宇所僅見……
