日治初期，明治29年 (1896) 12月，當地太魯閣族 居民，因為日本駐軍強暴其部落婦女，
憤而發動奇襲，在漢人通事李阿隆協助策劃下，由赫赫斯社的頭目哈鹿‧那威和玻士林社頭目率領各社壯丁，
進攻日軍設在新城的監視哨，包括日本陸軍少尉結城亨等，共23人遭擊斃。
1897年，日軍後續由基隆廳派軍前往鎮壓，太魯閣族人逃到沙卡噹谷內，繼續抵抗。
日軍因不熟悉山區作戰，最後撤退，改以懷柔方式平息此事件。
史稱「新城事件」，
也埋下了大正3年(1914)「太魯閣戰役」導火線……….
「新城事件」可說是東台灣第一次臺灣人民抗日行動的重要事蹟，
極具歷史價值。
其中被殺害的人是隸屬於花蓮港守備隊新城監視哨
之將校以下共十三名軍人。
新城事件發生後，為了紀念殉難的人員，日本政府於大正3年(1914)建造木造納骨堂，
大正9年(1920)又設立「殉難將士瘞骨碑」；後於昭和12年(1937）在舊址西南側 (今聖母園)
以鋼筋混泥土材質建造神社。
戰後，日本人返回日本，神社部分建築遭到破壞，
只剩下鋼筋混泥土建造的鳥居、石燈籠及狛犬等大型設施。
民國45年應當地居民的要求，來此傳教的瑞士籍神父傅光業在原神社西側建立幼稚園；
民國48年再由瑞士籍神父沙智勇又在神社東面建神父會院；
民國53年花蓮教區購地並興建一座以聖經「諾亞方舟」為主的禮拜堂，
並於兩年後落成，民國59年天主教醫院落成，民國87年功成身退。
新城天主堂目前仍保持昔日神社神域空間，
本殿舊址四周高聳優美近百年樹齡的日本黑松，搭配懷舊的神社遺址與莊嚴的天主堂，
顯得古樸、讓人興起思古幽情，
位於禮拜堂前花圃內，仍可見一塊寫有「殉難將士瘞骨碑」字樣的大理石，
在石碑背面隱約可見當時殉難之日軍罹難者的名字。
新城神社原本有三個鳥居，但最早一個在1979年中日斷交後就鋸掉兩側，
剩下的被天主堂當時的神父，為避免受到波及，因此加以修改，成為類似中國山門式風格，
但還是保有鳥居的形式。
庭院裡過去也有手洗石，是過去民眾進入神社參拜前，在手水舍洗淨之處，
現在已被放置在教堂內，成為教徒眼中的聖洗池。
參道上的狛犬倒是保存得最為完整……….
外觀相較，教堂的內部也非常精彩，聖洗池、大壁畫，
還有教堂裡莊嚴肅穆的氛圍都讓人心情平靜，
彩色玻璃鑲嵌做成的窗扇，
充滿了異國的風采。
