據《諸羅縣志》所記，關渡宮創於康熙51年（1712），謂：
「天妃廟：一在外九莊笨港街。三十九年，居民合建。
一在鹹水港街。五十五年，居民合建。一在淡水干豆門。五十一年，通事賴科鳩眾建。」
關渡宮是臺南以北歷史僅次於北港朝天宮的媽祖廟，
信徒遂有「南有北港媽，北有干豆媽」的諺語流傳。
鳩眾建廟的賴科是當時主管北臺灣「大雞籠社」（基隆及北臺灣沿海地區）原住民的通事，
他的職權是代表政府向原住民收取餉稅及指揮原住民從事勞役，
故得以調度原住民從事關渡宮的創建工程。
天妃廟初創落成，《諸羅縣志》記載其熱鬧情形說：
「靈山廟：在淡水干豆門，前臨巨港，合峰仔峙、擺接東西二流與海潮匯，波瀾甚壯。
康熙五十一年建廟，以祀天妃，落成之日，諸番並集。忽有巨魚數千隨潮而至，如拜禮然。
須臾，乘潮復出於海，人皆稱異。」
囿於物資有限與社會環境，僅以茅草做為屋頂、因陋就簡地籌建完成。
康熙51年是關渡宮建廟之年，是洋盜鄭盡心在淡水外海窺伺之時，
關渡宮位居進出臺北盆地要津，是當地住民信仰重鎮，主管官署諸羅縣更加重視其資訊蒐集功能，
積極改善其硬體設施。
康熙54年（1715），也就是草創後第三年，即被重新改建成木構瓦頂的新建築。
縣令周鍾瑄不僅從嘉義跋涉數百公里，前來臺北為重建的天妃廟題名「靈山」，
還將關渡宮後山及臨臺北湖埔地數十甲，授予住持僧綿遠來招佃開墾收租，讓關渡宮得以永續經營下去。
根據《諸羅縣志》所記：「天妃廟：…一在關渡門，原建山頂，康熙五十八年，移建山麓。」
意即康熙58年（1719）時，原本興建於象鼻山山頂的天妃廟，往下移遷至山腰之間，
移建的原因，推測是康熙33年臺北大地震造成的堰塞湖積水消退，
從福建前來北投運載硫磺及雜貨的船舶，其停泊地碼頭的位置也隨著下移，
廟宇為配合環境而隨之下移。
從現存關渡宮的石碑《關渡宮重修前殿碑記》，
及大正五年（1916）〈北投公學校校長報告〉記載，清時期關渡宮曾經歷過多次的修建，
如乾隆39年（1774）、47年（1782）、嘉慶17年（1812）、道光3年（1823）和
光緒16年（1890）等五次，其他小規模修繕則未見記錄。
根據〈北投公學校校長報告〉的記載，乾隆46年6月因管理人鄧大鳳，
以廟宇的方位不正而與庄民協議，其後決議由廟方出財產二千元，庄民捐二千四百元，在隔一年進行重建。
乾隆40年代是臺灣經濟最富庶的時期，這次重建所支經費可說是清朝歷次重建最高者，
使用石材也最多，捐獻者除本地人外，亦有福建及廣東籍民，
今日關渡宮的基礎與規模皆由此次重建所奠定。
目前關渡宮正殿，還留存鄧大鳯所立四點金石柱，就此推測鄧大鳯應為廣東籍或閩籍客家族，
拜殿也留下署名「北投社弟子潘元坤、劉士損、金佳玉仝喜助」的龍柱，
「北投社弟子」指的是北投地區的原住民，
另有同安籍人捐獻三川門左、右兩側的龍虎堵石雕，
足證此次重修是閩、粵及平埔族三大族群共同合作的成果。
嘉慶17年（1812）是為了修復此前地震損壞的部分，然因此時海盜迭起，
造成海路不通，商業蕭條，百姓無錢，工程僅以修復為主
。十餘年後的道光3年（1823）臺灣經歷了一次嚴重的颱風，關渡宮建築也因此受創嚴重，
管理人陳愿淡等以廟產二千四百元，與庄民捐款四百元，於隔年的十月進行重修，
當時的石窗和裙堵石雕仍被保留，且有「同邑太學生高國基敬奉」、
「廣東饒邑鴻崗許國良敬立」、和「弟子臺長生敬奉」等落款，
其中高國基、許國良為漢人，臺長生為平埔族原住民，
說明關渡宮一直是閩、粵移民及當地原住民的共同信仰廟宇………..
