1890年9月馬偕牧師（George Leslie Mackay）應在花蓮傳播福音的
前牛津學堂學生嚴有年之邀，由宜蘭蘇澳搭乘小船，首次到花蓮
加禮宛一帶傳道
後教勢雖曾一度衰微，但1895年日本領台後，
大舉開發平野區（涵蓋加禮宛、薄薄、里漏等原住民村社），
於是從宜蘭遷來的居民日漸增多；
遂於1907 年3月9日，在平野區加禮宛設立「加禮宛教會」，
聘請偕八寶為第一任傳道師，牧養教會信徒，
這是花蓮港教會的起源。
嗣後花蓮港人口日增，從西部移居者日眾，
到1910年，傳道師陳木生來任，即在花蓮港春日通 (現花蓮市第一
信用合作社對面)租屋為禮拜堂，經過約一年後，上峰撥款，於現在的
花蓮市中山路與節約街（當時稱「黑金通」）新造一座木造教堂，
也就是現在的花蓮港教會。
1940年高端莊牧師時期，重建木造尖塔美觀之聖堂，
於1940年12月15日舉行獻堂，並慶祝獨立七週年紀念。
此間宋尚節博士來台奮興，信徒前往台北、台中、台南參與者
甚眾，教會大復興，因此聖堂不能容納，在1948、9年間，
在吳天賜牧師任內將聖堂擴建一次，
又於陳瑞山牧師來任後，再延長擴建一次，
1951年花蓮發生未曾有之大地震，聖堂破壞嚴重，
即組織修建委員會，募捐興建現在之聖堂，
於1961年11月完竣，同月29日舉行獻堂典禮。
1955年分設壽豐、志學二間教會為支會。
1959年3月，籌劃設立新城佈道所，
之後20餘年均由花蓮港教會關懷牧養，
1987年7月，經東部中會47屆秋季議會通過，
新城佈道所升格為堂會。
走在車水馬龍的花蓮市區，
這棟外觀白色並由12根象徵十二使徒的圓柱撐起的
百年歐式建築— 花蓮港教會，
不僅吸引大批旅客駐留拍照，
更是花蓮縣最早傳入福音之地。
