那霸市地處國場川河口，在古代被當地人稱為「浮島」，
是國場川、安里川、久茂地川的土砂沖積而成的海灣中的島嶼。
1451年，尚金福王修築那霸和崇元寺之間的長虹堤，
連接那霸和首里之間的陸路交通。
17世紀後期，那霸已經是首里的外港，
並形成了那霸四町（西、東、若狹、泉崎）。
那霸的久米村地區是漢人居住區，居住在這的閩人三十六姓
在琉球國的貿易發展中發揮重要作用。
至琉球國末期時，那霸已因土砂堆積而和沖繩本島連為一體。
15世紀初期，中山國王尚巴志統一沖繩本島，
並將政治中心從浦添（現浦添市）遷到首里（即那霸市首里地區）。
首里自此成為琉球國的首都。
16世紀之後，尚真王將琉球各地的豪族集中搬到首里，
確立了首里的城市格局。
明治維新之後日本開始廢藩置縣，
1879年廢除琉球藩設置沖繩縣，並將行政中心設在那霸，
取代首里成為沖繩縣的政治、經濟和文化中心。
1896年，日本實施沖繩縣區制，那霸區正式成立，
之後在1903年和1914年兩次合併附近地區。
第二次世界大戰前的那霸是沖繩的行政和商業中心，
聚集了縣廳等行政機構，是自日本本土前往沖繩各離島
和台灣的交通中轉地。
1921年，那霸設市，那霸市正式成立。
與那霸市同時設市的還有首里市。
太平洋戰爭爆發之後，那霸市也受到戰火波及，
市區幾乎完全化為焦土。
沖繩島戰役之後，那霸市區被美軍佔領並禁止
普通民眾進入，市民暫時被安置在避難民收容所。
1945年11月10日，103名陶業從業者被允許進入那霸市內，
是戰後首批被允許進入那霸市內的普通市民。
1946年，那霸市得以恢復。
那霸市的壺屋地區在戰後出現黑市，
成為那霸市的商業中心地區，
並在1950年改為公設市場[。
公設市場附近地區出現了多條商店街，
其中規模最大的就是國際通，有「奇蹟一英里」之稱。
1949年，美軍少將約瑟夫·R·希茨宣布將那霸市建設為
沖繩首都，將佔領的土地交還給原本地主並逐漸放開限制。
那霸市此後在1950年和港村合併、
1954年和首里市及小祿村合併、1957年和真和志市合併，
市轄區範圍大幅擴大到設市時的七倍以上。
1956年，琉球立法院頒布首都建設法，
更加速了那霸的發展。
1972年，美軍將沖繩主權移交給日本，
那霸再次成為沖繩縣的縣廳所在地。
1975年，那霸市舉辦了沖繩國際海洋博覽會。
隨著主權移交使得沖繩融入日本經濟，
那霸也成為日本中央政府和企業在沖繩的主要據點，
使得那霸經濟帶有支店經濟都市特徵。
那霸市是沖繩縣的政治、經濟、文化中心，
擁有那霸國際機場和連接沖繩縣外及附近離島的那霸港，
也說得上是沖繩縣的玄關……
1987年美軍將牧港住宅地區交還之後，
該地區成為那霸新都心並得到開發，
正成為那霸新的中心。
