將軍區在1920年以前的舊名寫作漢字的「漚汪」，
此漢字的台語發音源自西拉雅族語，是「溪流」的意思，
至今有許多臺南人仍習慣稱呼此舊名，
至於「將軍」之名則相傳與施琅有關。
1683年，施琅率領清兵攻克明鄭，清廷以施琅靖臺有功，
以跑馬三日為其業地，西起馬沙溝，東至烏山頭，不料馬跑至今
將軍庄一帶便斷腳蹄，因而在此地建「將軍府」為施琅將軍與吳英將軍共用，
所經之田園成為「施侯租」，之後施琅率其族人以及吳王兩姓親戚入墾，
因而形成「將軍庄」。當地人亦常簡稱為「將庄」。
1920年臺灣地方改制，於此地設「將軍庄」，
劃歸臺南州北門郡管轄，戰後改設臺南縣將軍鄉，
2010年12月25日改稱將軍區。
原籍福建省泉州府同安縣十三都霞邊保集美東厝下店人氏，
於清乾隆十五年渡臺灣謀生，遊至蘆竹溝溪（現為將軍溪）
再順溪流往東至現在地方，
溪流南畔有條長巷，兩邊草木茂盛，是片荒蕪之地，
因隨擇地漸居，以開墾荒野為耕地，又捕魚為副業，
爾後漸發展就永久居之，
將此地形表庄民，稱為巷口庄。
本地區發展較早的聚落為巷口、中寮（西北半側）、社仔、北埔，
巷口，其因乃早年人民由將軍鄉上岸往苓仔寮途中需經過一大片
林投樹，久而久之便形成一道林投巷，居民在北地入口處集結成庄，
故名巷口。
戰後曾分為仁巷村及和巷村，
後於民國六十七年各取其首字而合併為仁和村。
縣市合併後為仁和里。
