五條港是昔日清治時期存在於今臺南市中西區裡
的五條商用港道，由北到南分別是新港墘港、佛頭港、
南勢港（或稱北勢港）、南河港與安海港，
其範圍約在今成功路以南，中正路以北，大井頭（民權路、
永福路交叉處）以西，臨安路以東的區域，
是以前臺灣府城最重要的商業門戶，
水仙宮，正式名稱臺郡三郊水仙宮，台南市市定古蹟，
也是昔日臺灣府城七寺八廟之一。
建成年代最早的說法為依陳文達《臺灣縣志》
為康熙二十二年（1683）之後由鄉人同建；或者依大正十六年
重修水仙宮碑記載建於清康熙癸未四十二年（1703）；
最普遍的說法是蔣允焄所撰碑記所載該廟建於康熙五十四年（1715），
同時王必昌《重修臺灣縣志》與謝金鑾《續修臺灣縣志》
皆作建於康熙五十四年。
廟內主祀水仙尊王，該廟所在之地過去是五條港之一的南勢港，
是三郊的總部所在地，曾於宮北側設三益堂處理三郊事務，
該廟亦由當地商人合資興建。
康熙五十四年（1715），原任臺灣水師左營遊擊的卓爾壇號召
泉漳商旅集資重建，並聘請潮州工匠前來主持建築工作，耗費四年完工。
依王禮台灣縣志所記載
「水仙宮，開闢後，鄉人同建；卑隘淺狹。
康熙五十七年，斂金改建。雕花縷木，華麗甲於諸廟。」
完工後，臺灣府知府王珍捐獻「著靈鰲柱」匾。
乾隆六年（1741），臺廈商旅陳逢春等人重修廟宇，
並填平廟前的南勢港道以為廟埕，又購置店鋪以供香火、立碑
於廟前埕覺津寺、建造後殿及獻「萬水朝宗」匾。
乾隆二十八年（1763），北郊商人蘇萬利等人集資修廟，
為郊商參與廟宇維修之始。
次年，由於水仙宮廟前小港淤塞，被附近居民侵占，
於是當時的臺灣府知府蔣允焄下令拆除違建並增廣廟埕，
事後立「水仙宮清界勒石記」石碑在廟中三川門內。
之後在嘉慶元年（1796），三郊大修水仙宮，
之後道光十三年（1833年）、光緒三年（1877年）時，
亦有整修。
戰時，水仙宮被盟軍轟炸，導致正殿、後殿毀損。
後來兩殿成為疎開空地開闢防空洞，
而水仙宮只剩下三川殿。
民國四十三年（1954），由郭炳輝發起在僅剩的三川門殿
及部分中庭重建水仙宮，至此僅剩一進。
今天的水仙宮只剩下原本的三川殿一進所改建成的廟宇，
已不復二戰前時的恢弘模樣。
廟宇的周圍和廟埕為水仙宮市場。
