關於總趕宮的創建，最早的史料是清康熙59年（1720）
陳文達（生卒年不詳）的《臺灣縣志卷九雜記志．寺廟》，
總趕宮最初名為聖公廟，創建於明鄭時期。
總趕宮所在位置曾是臺江內海的海濱，
明鄭初期因海岸線向西擴張，這片新出現的新浮覆地遂發展成市街，
大井頭渡口以南為帆船的碇泊所在，進出臺江內海的船戶、漁民、
水師官兵信奉海神祈求庇蔭，共同出資擇地在海岸較高的地方建廟。
清乾隆54年（1789）蔡廷萼（生卒年不詳）重修，更名為總管宮，
之後因「管」與「趕」在福佬話中為同音異字，
開始訛傳為總趕宮。
戰後因為年久失修，曾在民國47年（1958）修繕過神龕臺座，
民國55年（1966）整修地坪、牆身，該次整修委請已故重要傳
統藝術保存者陳壽彝施作彩繪，
是陳壽彝從事寺廟彩繪初啼試聲的第一組作品，
顯得彌足珍貴。
民國74年（1985）將右側廂房改建為鋼筋混凝土兩層樓建築，
民國74年指定三川門、拜亭、正殿為古蹟，
古蹟本體在民國2008年進行修復工程，
2010年神像入火安座，慶成醮則在2018年舉辦。
總趕宮主體建築的平面布局屬於兩落帶拜亭之建築格局，
兩落即三川門與正殿，拜亭位於三川門與正殿之間，
拜亭的兩側附有龍、虎天井，
這種空間組構為正殿緊落於三川殿之後，
兩建築之間藉由拜亭做聯繫，形成連貫性的空間，
工字型建築格局是臺灣南部傳統廟宇
建築常見的格局做法。
結構牆體均採磚石造，建築構造為硬山擱檁承重牆系統，
三川門面寬三開間，立面採用板門與隔扇的組合，明間中門的門扇繪畫
秦叔寶與尉遲恭，左次間偏門的門扇繪畫加冠晉祿，右次間偏門的門扇
繪畫添花進爵，外檐裝修將三川門分為向外的前檐廊與向後的後檐廊，
前檐柱為龍柱，前後檐廊的進深約略相等。
正殿為不裝設門扇之敞廳式，室內設置神龕，
明間神龕供奉主神倪聖公，
總趕宮為臺灣唯一座以倪聖公為主神的廟宇，
倪聖公又稱總管爺、聖公爺。
近代研究認為倪聖公的神格、事蹟有過幾次的轉變，
從最初職司總管海舶的神祇，具有海神的性格，
後成為守護八吉境的鄉土神。
該廟於乾隆六十年（1795）由臺灣道道臺楊廷理捐款整修，
於嘉慶元年（1796）完工，此後當地居民便在廟中供奉楊廷理的祿位。
後來到了道光十五年（1835），紳商周清老與海澄縣儒學黃化鯉等人
重修此廟，事後立碑及增加供奉的長生祿位，
即今該廟尚存的「重興總趕宮碑記」
與「黃化鯉長生祿位」。
該廟宇於民國七十四年（1985）11月27日公告為三級古蹟，
並在2000年代成為臺南市第一個由政府補助輔導私有古蹟
自辦修復工程的案例。
