大觀音亭與興濟宮皆興建於鄭氏時期，
是府城最早的觀音廟、保生大帝廟。
有趣的是，分屬於佛道教不同信仰的兩座廟宇，
不僅距離很近，中間只以一座「官廳」相連，
建廟的時間更只差一年，
這跟兩廟的發展背景有關：
「慈悲為懷、救苦救難」的觀音菩薩，與「醫神」保生大帝，
都是早期來臺移民的精神信仰，到了清領時期，臺灣最高武官
的官署「總鎮署」設在兩廟附近，官兵也常來廟裡祈福，
中間的「官廳」，則是提供官員參拜前的更衣場所，
是目前臺灣難得一見還保有官廳的廟宇。
明鄭永曆三十二年（1678），軍民在臺灣府城的尖山南坡建
「觀音宮」，供奉觀音菩薩。
清康熙年間重修擴建之後，因拜亭採用了抱廈的形式而改名「觀音亭」，
後來因要與小東門的觀音亭（現已不存）區分，而習稱「大觀音亭」。
興濟宮則源自於永曆三十三年（1679），來自泉州同安的鄭軍將士在
觀音宮旁建廟奉祀保生大帝（大道公），當時稱為「大道公廟」，
後因為與良皇宮分別，稱「頂大道公廟」，
良皇宮則稱「下大道公廟」。
兩者均為明鄭時期規模最大的觀音廟與大道公廟。
在清朝領臺之後，由於總鎮衙署與所轄三營分別建在尖山北坡
與覆鼎金（今衛福部臺南醫院）之間，都在兩廟附近，所以有不少
官兵前來祈求平安。
大觀音亭方面，主要在康熙三十二年（1693）、
乾隆五十六年（1791）、嘉慶二十年（1815）、
道光十年（1830）與同治十年（1871）整修過，
至於興濟宮，則主要在嘉慶二年（1797）與道光十一年（1831）
與同治十年（1871）整修過。
而在同治十三年（1874）之後，
因所謂的開山撫番導致官兵多染上瘴癘，
所以兩廟的香火日益興盛，
成為府城裡同類廟宇中香火最鼎盛的廟宇。
這些參與的官兵因曾向興濟宮大道公祈求保佑靈驗，
因而上報朝廷，朝廷乃下令將興濟宮列入祀典，
成為臺灣唯一有列入
官方祀典春秋二祭的保生大帝廟。
進入臺灣日治時期之後，兩廟曾於1927年一起重修。
日治末期興濟宮春秋二祭因故中斷。
由於在太平洋戰爭中大觀音亭興濟宮受創，
遂於戰後的1949年重修，
1960年代、1970年代亦重修過數次，
而最近一次則是在2017年。
1985年11月27日公告為三級古蹟，現為市定古蹟。
該寺廟由主奉觀音佛祖的「大觀音亭」與主奉保生大帝的
「祀典興濟宮」所組成，雖分屬佛教、道教，
但自創建以來兩寺廟相連，關係密切，同屬一組織管理，
現全稱財團法人臺南市臺疆祖廟
大觀音亭暨祀典興濟宮。
