護濟宮俗稱「媽祖宮」，是在清乾隆46年（1781）由居民倡建，奉祀媽祖。
護濟宮創建後，香火鼎盛，在乾隆末期在附近形成市街，今廟東振興街即是古街道。
清道光19年（1839），麻豆分出頂街與下街，即穀里街為頂街，在上帝廟四周；
穀興街為下街，即護濟宮四周。
前清康熙年間，曾分香西庄、瓦磘等地。乾隆中葉以降，蔴荳港內海陸浮，
水堀頭蔴荳街漸告衰頹，街市西移，
蔴荳街北角上帝廟〔北極殿〕與西角媽祖宮〔護濟宮〕間，
聚集成為新興街市——穀里街。
乾隆46年〔1781〕，蔴荳保蔴荳庄蚊港厝角林朝牌倡首
改建磚造廟宇，供奉媽祖，顏廟號「護濟宮」。
乾隆51年「林爽文之役」，廟宇慘遭兵燹。
蔴荳保耆紳聯名有司，力請撥歸抄封祠地，重建 聖母神庥，此為「護濟宮」，
為蔴荳保公建並非單一角落募建緣由。
乾隆58年〔1793〕，護濟宮因兵燹蒙刼，蔴荳保富紳石泮水倡首重建為
前後兩落之巍峩神庥，並親獻「聖誕湄洲傳舊德，祥開穀里建新基」木聯以誌其盛。
同年，虞潮角貢生黃大英獻「至哉坤元」，
大埕角國學生郭廷舉獻「海國安瀾」木匾各乙枚，
以叩謝浩蕩神恩。
道光15年〔1835〕，蔴荳保總理－大埕角郭振煌，
發起重建廟宇，並獻「光昭穀里」木匾。
同治01年震災，堂皇神庥傾圯。
同治04年〔1865〕，草店尾角董事－武舉林朝輝倡首重建，
並獻「品物咸亨」木匾乙枚。
其後，光緒年間、日治時期屢經修茸。民國45年〔1956〕，
管理人陳定邦以建廟年代久遠，樑敗垣傾，有辱神威，有辱神威，
再次發起重建，始成如今廟貌。
歷史建築麻豆護濟宮保有古匾、泥塑媽祖、全台唯一木雕三腳蟾蜍、
陳玉峰彩繪門神等珍貴文物，寺廟建築修復工程於2017年2月完工，
以保留古樸原貌為原則，重現昔日風華，
修復完成後，再度申請列入古蹟。
麻豆護濟宮創建於清乾隆年間，清同治4年重建，
民國45年修建完成迄今，正殿木構精緻，大殿採三川脊，
脊式為大脊、翹脊，2009年公告為歷史建築。
修復工程將以修舊如舊、保留原有風貌為主，
重現媽祖宮古早韻味，展現老廟的真正價值，
讓全國民眾能在這裡溫故歷史建築之美。
麻豆護濟宮收藏清乾隆58年的「至哉坤元」等古匾，
泥塑媽祖、木雕三腳蟾蜍、以及陳專友剪黏、陳玉峰彩繪門神、
陳溪邦木雕等文物，
具有珍貴藝術價值。
