慈祐宮的創建年代，有數種說法，依據連橫所著《台灣通史》：
「慈祐宮，在興直堡新莊街，康熙25年建，祀天上聖母。」
《台北廳志》也沿用這說法，加上新莊人口碑相傳的說法，
新莊人大都沿用康熙年間所建之說辭。
而余文儀的《續修台灣府志》記載，
慈祐宮於雍正9年（1731）所建；
另外，陳培桂的《淡水廳志》則說乾隆18年（1753）建；
又根據廟中所嵌同治12年（1873）立的《重修慈祐宮碑記》，
則明確記載為雍正7年（1729）。
根據新莊人所傳說的，
慈祐宮於康熙25年（1686年）開闢之初，先建小廟加以崇祀。
隨著新莊平原的拓墾發展，移民愈來愈多，香火也日益鼎盛，
到雍正年間，新莊因地利之便，成為南北交通要衝與貨物集散中心，
成就「千帆林立」的景象；
移民在生活安定富足之餘，感念媽祖的庇佑，雍正7年（1729年）由福建運來
石材磚瓦、杉木，將過去奉祀媽祖的小廟，改建成相當規模的「天后宮」。
乾隆13年（1748）新莊街大火，天后宮亦受波及，於是發起重修，
同時為避火山之氣，在正殿後面開闢池塘引水鎮火，喻之「美人照鏡」、
「倒照觀音」，因當時後村圳以北尚無建築物，池水倒映觀音山影。
重修工程直至乾隆18年（1753）完成，也改稱為「慈祐宮」。
同治年間的重修慈祐宮碑記載此廟為為雍正七年（1729）動工興建，
原名為「新莊天后宮」，因有碑文為證，一般創立時間為此版本。
也有說是康熙廿五年（1686年）。
廟身坐落在新莊廟街，面對新莊港渡口，
但港渡口後已無運輸功能……..
1927年整修是由陳應彬主持。
創建迄今共經歷九次大型整修，
留下每個時代不同的建築裝飾風格，
及珍貴的文獻資料。
