南瑤宮建於清乾隆年間，在彰化縣城南門外。
香火鼎盛，屢稱靈驗，故有「彰化媽蔭外方」之名聲。
南瑤里一帶舊稱「南窰」，因北邊為一築窰燒瓦的「瓦磘莊」（今彰化市成功里）而得名，
昔日位於彰化縣城南門外，因與縣城內的「天后宮」相對，又被稱作「外媽祖」。
目前就人口數而言，可說是彰化市最大的里，
居住在南瑤宮一帶的居民乃自稱為「媽祖宮人」。
傳說南瑤宮香火鼎盛是因為地理風水極佳，為「日月鐘地理」，除非日月俱失，才會衰敗。
又說此一地理用鐘則敗，因此至今宮內有鼓無鐘。
民間尚且穿鑿附會清朝嘉慶年間（1810），調任的彰化縣知縣楊本縣奉旨來台「排地理」，
因言語訛傳，誤解敕命為「敗地理」，因而對彰化地理大肆破壞。
楊本縣來到南瑤宮時，媽祖顯靈，不讓他看地理，雲霧密布。
但經楊氏祈求絕不破壞後，雲霧乃散，楊氏才發現南瑤宮前臨八卦山台地，
山麓具十三支輦傘穴，地理蘊納日月精華，為絕佳之地。
南瑤宮的創建起源，至今仍缺乏可資佐證的詳細資料，
現在只能從日治時代留下的《寺廟台帳》與宮內所存的沿革碑，
加上相關文獻與里民口傳綜合推敲。
相傳在清雍正元年(1723) ，彰化設縣，窯工楊謙自諸羅縣（今嘉義縣）笨港南街
來此應募工事，隨身攜帶媽祖香火袋庇身，楊謙將香火掛在工寮內，每當入夜附近居民
就可見到此處散發五彩毫光，咸認為是神明顯靈，於是地方仕紳集資雕塑媽祖神像，
奉祀在附近的福德廟內，居民參拜屢稱靈驗，遂香火日盛。
清乾隆3年(1738) ，瓦磘莊民陳氏捐地建祠，時稱「媽祖宮」，
同年11月，總理吳佳聲、黃景祺、林君、賴武等發起募資興建殿宇，雕塑五尊神像，
取彰化縣城南門之「南」與瓦磘莊的諧音雅字「瑤」，
正式定名為「南瑤宮」。
大正年調查的《寺廟台帳》記載的是
「……..丙 沿革….創立緣起….嘉義廳斗六魚寮莊住民，陶工楊謙，虔誠信仰北港媽祖廟天上聖母，
並於自家中供奉神像。乾隆元年（1736），移居瓦磘莊即現在之大埔莊，隨即宣揚其靈顯事蹟。
故而當時彰化總理林楊及李、賴蔡各姓諸同人共同籌款，塑造天上聖母神像，以供奉祀。
至乾隆三年（1738），遂在瓦磘莊陳氏土地上，創建茅草小祠，安置神像，名為媽祖宮。」
雖然大部份的記載都傳南瑤宮建於1738年，但在官方志書中卻未有記錄。
周璽在清道光年間修纂的《彰化縣志》提到「一在邑治南門外尾窯，乾隆中士民公建」。
再者，南瑤宮在日治時期經歷17年的改建工程，1936年完工後在前殿左側立有一塊紀念改築的沿革碑，
碑上刻文卻指建廟年代為清乾隆14年(1749) ，較符合《彰化縣志》的記載。
南瑤宮在十八世紀清朝乾隆年間曾經兩度修繕，
嘉慶7年(1802) 再倡重建，擴大廟基五倍。
到了日治時期，「終感湫隘為不便」，由於香火旺盛，廟宇空間又嫌狹窄，
遂成立「南瑤宮改築會」，耗資六萬日圓，於1916年完成改建，為一座混合中西日式風格的廟宇。
不過「信徒排斥這種非台灣傳統寺廟式樣，致香火日衰，廟方無奈，只好藉口填基不實、砌造不牢、
地坪陷塌，兼之白蟻為害，勢難耐久，於其前方另建正殿，
而將本殿改奉觀音……..
之後經歷17年，才又完成前後各殿及兩廊建築，廟貌一新，
並在三川殿（前殿）前左側立一「沿革碑」，
詳實舖述南瑤宮的歷史與沿革。
1985年4月25日內政部公告指定為三級古蹟，
今為縣定古蹟，
目前申請國定古蹟認定中。
