笨港之所以得迅速發展，肇因於當地郊行林立…..其中郊行大者，為經營笨港、泉州間貿易之
泉州郊；經營笨港、廈門間貿易之廈門郊、經營笨港、龍溪間貿易之龍江郊，此外尚有糖郊、
米郊、籔郊，列肆之盛，不難想像。故<諸羅縣志> 笨港項下謂：「臺屬近海市鎮，此為最大」。
雍正至乾隆中葉，為笨港地區發展最速時期，街肆隨著人口大量增加而不斷擴展，
至乾隆二十九年（1764）共計有四里、四十六保、十八莊。
笨港街則以人口眾多，被劃分為南、北二保，北街屬大槺榔東堡，南街屬打貓西堡，對外仍合稱。
當時的笨港南街更分為前街、後街，加上笨港北街，其繁榮景況，除臺灣府城外，沿海城市無出
其右者，故清廷於北街駐千總。南街則為縣丞署、縣倉、陸師汛所在。
貿易繁興，固帶來地方之繁華，而各種貿易上之問題，如商品價格之訂定、度量衡之標準、
公共秩序之維護等，皆需解決。
三郊乃合資於乾隆四年（1739）創建水仙宮以為公所，處理闔港有關商業問題，兼祀水仙尊王。
嘉慶二年（1797），台灣遭遇颱風侵襲，各地災情慘重，笨港溪流泛濫，積水三日始退。
水退後溪流南移數十公尺，介於笨港南街之前、後街之間，南街之後街遂併入北街，北街其繁榮
至此乃超越原有之南港(舊南港), 並進一步取而代之。
此次溪水泛濫，沖毀之廟宇、民宅頗多，水仙宮亦於此次災變中全毀….
嘉慶十九年（1814）笨港三郊重建水仙宮於原廟南方數十公尺處，即今日廟宇所在位置…
道光二十八年，由笨港三家郊行金晉順、金正順、金和順等發起捐資加建後殿，施工至卅年
落成，以奉祀原協天宮之「關聖帝君」並使兩廟合而為一。
民國三十六年廟貌因經過近百年的風雨侵襲剝蝕，傾廢不堪，倡議重修，至民國三十九年竣工。
水仙宮廟內保有乾隆年間的石香爐、龍柱、石獅，嘉慶年間的匾額、石香爐、重修碑記等。
重要之匾楹包括有:
咸豐元年瓜月 德侔天地
晉江 莊俊元敬書 泉郡 金合順 廈門 金正順仝叩
嘉慶丙子仲春穀旦 日月爭光
護理臺灣鹿港同知 笨港縣丞 龐周敬立
(龍柱) 乾隆丙子年吉旦 貢生 林開國喜助
重修水仙宮碑記 (略)
晉江生員 王庭璋 薰沐謹記
賜進士出身 誥授中憲大夫候選六部主事 前甘肅涼兵備道 刑科給事中
掌京畿道監察御史 翰林院編修 國史館籑修 侯官 郭柏蔭敬書
道光歲次庚戌孟秋穀旦
董事 廈門郊 金正順 泉州郊 金合順 龍江郊 金晉順
民國五十年笨南港街「天后宮」天上聖母亦歸入水仙宮合祀，成為三神合祀的廟宇。
民國七十四年被內政部指定為二級古蹟，民國七十九年至八十一年大修。
民國九十一年天上聖母神像遷出，於宮左後側另建新廟奉祀。
水仙宮內留存有諸多的歷史文物，其大木結構統一，瓜筒扁胖飽滿，過水廊牆堵間有許多幅
半堆塑的人物彩繪，表情神態自然，作工秀麗典雅，值得令人細細觀賞。
水仙宮的雕樑畫棟和巧妙的木造結構，也是少見的傳統建築珍品。
三川殿斗拱下的木雕極為精緻, 斑駁之貌更顯出其淳樸之感，題材除了常見的鰲魚(龍頭魚身)、
獅子、鳳凰、花鳥外，較罕見的是大象和龍。
台南名家陳玉峰繪製的壁畫和門神，以及剪粘交趾名師江清露的泥塑、剪粘，
都是值得一再欣賞的極品。
本名延祿的彩繪大師陳玉峰（1900_1964），又稱「祿仔師」「祿仔仙」，是府城傳統畫師，
其作品帶入西方的光影、注重比例，影響傳統彩繪，傳世作品以新港水仙宮保存最為完整。
斑駁的照壁頗有同於澎湖天后宮的滄桑韻味
古樸之感更顯得出其珍貴之處…..
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