開基天后祖廟是臺灣府城最早的媽祖廟，故以冠以「開基」之名。位於臺南市北區，是二級古蹟。
其別名「小媽祖廟」是與俗稱「大媽祖廟」的大天后宮相對而來；另一別名則是冠上了當地的古地名
水仔尾」（ 該廟位在昔日德慶溪注入臺江口的南岸地區）而來。
創建於明永曆十七年 (1662)，為臺灣最早由民間設立之媽祖廟。
鄭成功治臺後，感恩媽祖庇祐鄭軍順利登港，將之易茅為瓦，易寮為廟，冠以「開基」。
因為不及大天后宮的規模及寬敞，俗稱「小媽祖廟」。
乾隆三十年(1765)知府蔣允焄拆草寮四邊民房，而擴建磚造廟宇並留有碑記記述，
不幸此石碑早已佚失，僅留有古龍柱一對，其後蔣元樞曾經重修，但並未有相關記載…..
日治時期時昭和初年境民再修葺，二次大戰末期因盟機轟炸嚴重破損，
民國三十七年眾境眾鳩資重修，民國六十二年里眾鳩款重建置六十六年七月完工，成為一座
美侖美奐的廟宇，民國七十四年十一月列入國家第二級古蹟。
開基天后祖廟，是一座二進縱深式建築，坐東朝西。
第一進為前殿，第二進為帶拜亭的正殿，但因拜亭與前殿之間，沒有內埕分隔混然一體。
正殿供奉媽祖，在右配祀千里眼、順風耳兩將軍神像，第三進為後殿，祀觀世音菩薩。
天后祖廟內存有古匾數方，如:乾隆四十四年的「海天福主」、嘉慶十三年的「慈慧」以及
道光二十年的「天上福星」等，
其中尤以文苑晝畫家一峰亭<林朝英> 手書「湄靈肇造」，
筆力勁秀，最為人稱道。
此外，殿內一對石雕蟠龍柱，以三爪降龍為紋，樸拙簡練，刀法渾厚有刀，
不僅是石雕藝術的佳作，亦是全臺最早之龍柱。
另, 在三川殿廟角有著「憨番扛廟角」的裝飾。
臺南市文化資產管理處表示，開基天后宮的三對門神是全台僅存有黃啟受落款的作品。
按: 黃啟受出生於一九二三年，
曾受已故府城彩繪名畫師陳玉峰的提攜，並承襲陳氏彩繪畫風。
據調查，目前全臺有黃啟受具名落款的門神彩繪作品，僅存開基天后宮而已…..
三對門神，包括中間的秦叔寶、尉遲恭及左、右次間宮女共六扇。
彩繪年代距今約四十年，彩繪層經日曬風化，早已嚴重起甲、裂痕、細裂紋劣化。
修復計劃歷經兩年的審查，終於在去年底完成，即將展開修復。
為珍貴的文化資產作些努力。
