透過史料與論述可推論超峰寺的前身為超峰石觀音亭，
奉祀觀音佛祖，在乾隆6年(1741)之前由僧人紹光募緣興建，
乾隆28年(1763)擔任台灣知府的蔣允焄，至大崗山附近巡視防務
兼遊玩，同時到超峰石觀音亭附近禮佛，見該亭簡陋破敗，
於是捐錢整修，並賜名超峰寺。
由於這是超峰石觀音亭改建為超峰寺的重大轉型，
因此蔣允焄被視為超峰寺的建立者，今日超峰寺功德堂仍供奉
蔣允焄牌位，寺中更長期流傳蔣允焄飛瓦建寺的
一段佛門善緣與山中佳話。
清道光5年(1825)超峰寺修建，道光12年(1832)張丙作戰，
鳳山的許成起兵響應，當時超峰寺僧林和尚也趁機附和，
由於此次戰事影響，超峰寺頗有受損。
清光緒6年(1880)李建成募款重修，由現存光緒年間的木聯、
石聯及匾額，反映重修後的超峰寺香火興旺，陸續獲得士紳
與商號贈匾題詞。
明治41年(1908)永定法師將戶籍由開元寺遷到超峰寺，
開始以超峰寺為發展中心，企圖建設超峰寺為禪宗叢林，和導師義敏法師
合力開創日治時期台灣佛教四大法派之ㄧ的「大崗山派」。
是年募款重修觀音殿，大正13年(1924)建三寶佛塔
普同、報恩、蓮花三座佛塔，
昭和16年(1941)太平洋戰爭爆發，
昭和17年（1942）日本政府將大崗山規劃為軍事要塞，
令大崗山超峰寺及所屬的龍湖庵、蓮峰寺均疏開遷移下山
至新超峰寺，存放經像法器。
開參師亦與師兄開照師等僧眾一併下山。
戰後，開照法師返回原地予以重建，
原由浙江普陀山奉迎來臺的觀世音菩薩聖像
則繼續供奉於新超峰寺。
從此新舊兩寺分開登記，才有今日位於大崗山上的超峰寺
以及山下的新超峰寺之分。
新超峰寺由能學法師住持，廟宇仿古而建，
寬敞的大雄寶殿寬十丈；深八丈，能夠容納千人禮佛，
精細的手刻圖繪也是藝術之創作，
而那尊二百多年的觀世音菩薩仍坐鎮其中，
讓人感到莊嚴與肅穆，
非常值得一窺。
