1903 年，巴克禮牧師、伊莉莎白牧師娘在東門街買一間房子，
作為神學院教師的宿舍。
由於伊莉莎白牧師娘看見東門街附近教會醫院、
學校與教士傭工等本土信徒的信仰需要，禮拜日晚上就利用那裡
從事做佈道的工作，稱為「福音堂」，教「詩調」，傳道理，建立團契。
當團契人數變多後，就於禮拜二下午、禮拜三晚上有祈禱會，
便於東門附近的會友以及附近想要認識信仰的民眾參與聚會，
在 1906 年 6 月正式成為太平境教會的支會。
原名「基督長老教會東門教會」，東門巴克禮紀念教會的創建，
起初是巴克禮牧師（設立臺南神學院）與夫人，為了新樓醫院工作
人員，以及來臺宣教工作人員的信仰生活，借用神學院的教師宿舍
舉行聚會，並且在三年後成為太平境教會東門支會，
1921年升格為堂會，隨著信眾增加，
在1926年建立禮拜堂，建築至今已近百年歷史。
教堂建築屬於「巴西利卡式」（平面呈長方形，外側有一圈柱廊），
入口處在建築短邊，四根柱式的門廊、彩繪玻璃、十字架構成主要意象，
紅磚砌成的立面則融入了在地建築風格。
禮拜堂在落成時，是臺灣最大間的教會，可容納約500人左右，
見證了當時東門城一帶因新樓醫院、臺南神學院、
臺南新樓長老教女學校（長榮女中）、長老教會中學（長榮中學）等
教會機構而帶起的信仰風氣。
東門巴克禮紀念教會的入口處，由一座半圓形門廊、
彩繪玻璃窗、十字架構成建築的主要表情。半圓形的門廊，
是銜接建築內外空間之處，
在功能上，提供人在此短暫駐足，可避免日曬雨淋；
在裝飾性上，四根古典樣式的柱子不僅有著承重作用，
類似埃及棕欖葉柱頭的形式，更為整體造型稍作點綴。
在門廊的屋頂與柱頭之間，
「Tâi-lâm Tang-mn̂g Pa-Kheh-Lé Kì-liām Kàu-hōe」
則是教會名稱的白話字拼法，
也是巴克禮牧師當年在府城
傳福音時所使用的文字。
