三峽祖師廟供奉的神祇稱為「麻章上人」，閩南多稱「烏面祖師」，台灣則多稱之為「祖師公」，
而清水祖師的分身，則稱蓬萊大祖、顯應祖師、輝應祖師、普庵祖師或落鼻祖師。
清季來台先民在台灣、鳳山、嘉義、雲林、彰化、恆春等縣及澎湖廳、淡水廳興建祖師廟。
北部以艋舺、淡水、三峽的祖師廟最引人注目。
清水祖師是福建安溪的守護神，他的生平事跡，說法不一。
一般的說法是說清水祖師生於北宋仁宗時期，本名陳昭應，福建永春縣人。
幼年出家，法名普足。他生前為鄉里造橋，且求雨靈驗，受到鄉民擁戴，定居在蓬萊山的清水巖。
圓寂後，鄉民建塔刻像奉祀他，並受封為廣惠慈濟善和大師。
三峽以前屬於「海山庄」的轄內，
因為移民的開發，城鎮的規模逐漸變大，三峽的祖師廟以及老街都成為台灣鄉土的文化特色。
康熙廿四年安溪人陳瑜率族人到達南靖厝﹝今鶯歌南靖里﹞開墾；
乾隆廿年（1749），安溪人董日旭帶著大批族人致三峽墾荒。
在生活日漸安定後，於乾隆卅四年（1769）興建了三峽祖師廟，當時稱為「長福巖」。
長福巖祖師廟落成之初，根據姓氏信徒分成陳、李、劉、林、王、大雜姓、中庄雜姓等七大股，
每年輪值廟務並負責正月初六祖師爺誕辰祭祀大典。
三峽祖師廟前後經歷三次重建：
第一次重建在道光十三年（1833），原廟被地震所毀，因而重建。
第二次重建在光緒廿五年（1899），甲午戰爭清軍戰敗，馬關條約將台灣割讓日本，不願被異族統治的三峽民眾，
以祖師廟和興隆宮為抗日大本營，事敗後，祖師廟遭到日軍報復焚毀，1899 年才由信眾集資重建。
第三次重建則始於民國三十六年（1947），由台灣前輩畫家李梅樹親自主持，
他以半生歲月投入重建工作，廣邀廟宇建築名匠、雕刻家、剪黏藝師及藝術家們共同參與，
並引領藝專雕塑科的學生發揮其專長完成銅鑄作品，
不僅成就了祖師廟整體之美，
更贏得「東方雕刻藝術殿堂」之美譽。
