苦瓜寮的名稱由來，據說是過去先民許姓家族
捐地給朝天宮建廟，為感謝與紀念，且當時先民搭有
苦瓜棚種植苦瓜，而名「苦瓜寮」。
最初當地先民搭建草寮供奉土地公，之後在乾隆初年
加入神明會供奉天上聖母。
清嘉慶三年（1798）建立「聖母廟」，並從祀玄天上帝。
同治元年（1862）整修，並自赤山龍湖巖迎來觀音佛祖與
天上聖母（三媽）。光緒十九年（1893年）再修。
日治時期，該廟在大正十年（1921）重建，
並將廟名改為朝天宮。
此外日治時期，公厝管理人許頭因緣際會前往北港朝天宮
分香（二媽），並提供土地為廟產。
由於此一緣故，苦瓜寮朝天宮開始有每逢祭典前往北港朝天宮
進香割火，並在東勢寮曾文溪橋接駕、請水返境繞庄的習俗。
但此習俗何時中斷不得而知……
戰後，該廟因為民國53年（1964）的白河大地震而重創，
後來在民國56、57年（1967、1968）重建。
民國92年（1993），
該廟因為媽祖指示，前往曾文溪國姓橋
（臺17線）請水，因為受到顯宮（媽祖宮庄）盛情接待，
後來（1997）將請水地點改為鹿耳門溪口，
進香請水活動訂為四年一科……
