鹿港龍山寺自乾隆五十一年（1786）開始遷建，歷經十餘年間兵禍與天災的
遲延與毀壞，終於在多次陸續修繕後，
於嘉慶年間（1798）完備了初步之規模。
鹿港的開港 ，開啟鹿港商業及航運輝煌的一頁。
而原本位港口旁的龍山寺，亦必因之而香火鼎盛，信眾與日俱增，
不免有更新規模之需求；但因位處港津鬧區，腹地不夠，
地方士紳便發起遷建山寺。
乾隆五十一年（1786）由台灣北路水師協標鹿港汛千總陳邦光倡議遷建，
由士紳許樂三與日茂行林振嵩暨泉州郡縣人士實際參與，
但隨即遇林爽文事件與陳周全事件，使得龍山寺的遷建至
嘉慶三年（1798）始具規模。
鹿港龍山寺自日茂行林文濬倡議重修後，至道光九年（1829）已逾三十餘年，
廟宇的屋頂、椽木、樑柱、山牆均有頹損現象，道光九年舉人林廷璋（林文濬之子）
及八郊商行、地方士紳共同發起重修龍山寺，並請士紳王景福負責工程的鳩工庀材，
此次重修自道光九年冬起，歷經一年餘，至道光十一年（1831）二月完成。
道光十一年的重修，聘請大陸匠師來台參與施做，
重修後的龍山寺，為三進二院的格局，
並已具備了山門、五門殿、戲台、正殿及後殿的建築。
正殿供奉觀音菩薩，後殿為北極殿，供奉北極大帝，殿左殿右則供奉風神、龍神。
北路理番鹿港海防同知王蘭佩所撰「重修龍山寺記」碑文描述
「…其廊腰縵迴，其檐牙高啄，其襌室幽深，其山門宏整，
其前後空潭映月，時寫襌心，悠然有上方之勝焉…」，
此次的重修，格局宏大，規格完備，工藝精美，
奠定了今日鹿港龍山寺的規模。
重修的經費，有賴地方士紳及泉、廈等八郊商行傾力捐輸，
杉、石、甓、磚、灰等材料均購自大陸。由於當時鹿港河道已淤塞，
大船無法駛進港區，遂由泉、廈郊商船戶義務協助接駁所運來的材料，
當年捐款及接駁的商戶船隻，均詳記於「泉廈郊商船戶捐題緣金」碑，
為研究龍山寺的重要文獻史料。
道光二十八年（1848）十一月八日台灣中部發生強烈的地震，
以彰化、鹿港受創最為嚴重，此次地震造成一千餘人死亡，
一萬三千餘棟房屋全倒，多處廟宇受損。
鹿港地區部份廟宇受震損而重修。
雖在相關碑文或史料記載中，並未提及是因地震受損而重修，
但於其時之後多有相關重修紀事可查，如道光三十年城隍廟重修，
咸豐二年興安宮重修，咸豐五年金門館重修，
咸豐二年至九年鳳山寺重修等。
地震後四年之咸豐二年（1852），龍山寺亦因震損而進行大規模的重修，
鹿港八郊士紳及泉郊、廈郊商行共同捐資，當時由泉郊金長順擔任重修總理，
職員施孔彰及監生何清源統籌修建事宜。
咸豐二年增建拜殿，並新刻龍柱、石珠一對，由船頭行泰順號捐獻，
咸豐八年（1858）完成重修工程，鄉紳獻匾「慈靈顯應」、「普濟群生」置於正殿。
咸豐九年（1859）龍山寺派梁如金至浙江鑄鐘，
銘文記載參與重修郊商行號及士紳芳名，運回龍山寺安置，別具意義。
1897年（明治30年），日軍的從軍布教使佐佐木一道租用鹿港龍山寺後殿，
成立淨土真宗本願寺派布教所，並創立敬愛學校，親自教授日文，
另聘請秀才鄭鴻猷、鄭玉田教導漢文。
1898年（明治31年）改由光明智曉和尚擔任校長，智曉將學校改為公學校制度，
並且向龍山寺主持林文蓮與檀越代表提議將鹿港龍山寺改為本願寺派的分寺，
1904年鹿港龍山寺加入本願寺派，正殿改奉阿彌陀佛，原泉安分靈的觀音大士神像
遷至後殿，但是仍以林文蓮為主持。
1907年住持林文蓮逝世後，由智曉接管龍山寺，
1921年（大正10年）後殿失火，觀音寶像毀損。
昭和十年（1935）四月二十一日上午六點二分台灣中部發生大地震，
鹿港龍山寺管理人黃秋及地方人士發起全寺再度重修，並計劃重建後殿。
昭和十一年十一月動工，
先重建後殿，大木工程由鹿港匠師黃神通主持，
棟架雕刻為鹿港匠師施金福的作品，工程費用九千七百餘圓。
後殿完成後，接著進行山門、五門殿、拜殿、正殿重修，
重修經費五千餘圓，由龍山寺所屬的財產支付，
於昭和十三年（1938）十二月竣工。
後殿的建築於昭和十三年完成後，神龕的木雕與門屏由鹿港木雕匠師李棟樑
至鹿港街役場（鎮公所）競標承攬，全部的工程費用為二千四百圓，
當時李棟樑以一千九百圓承包，參與雕花師傅有李松林、吳福林、林謙、
施至善、林應宗，小木師傅有王金河、蘇騫等人。
此度重修，限於時代因素，未全復舊；後殿之建築、雕飾、彩繪等風格。
逐與前殿等全寺其他原清代樣貌有所區隔不同，對照可見。
重修完成後，龍山寺管理人及信徒代表辜顯榮、蔡敦波、郭朝泉、黃秋、
陳懷澄、施仁瑩、許割、施性瑟、施文坡、陳楝等人，
並敬獻「法海慈航」匾額。
1945年，國民政府代表接收臺灣，
鹿港龍山寺改由檀越組織管理委員會主持。
1961年，重塑觀音菩薩寶像安座正殿，
原日本阿彌陀佛寶像移祀後殿。
1983年12月，內政部將鹿港龍山寺
登錄為國家第一級古蹟
（今國定古蹟）。
