土庫順天宮約在清順治年間草創（土埆厝）；
據鄉人耆老訪談錄載自清初即有小廟。
清道光年間，有七房林喜捨廟地一所，以許際昌，怡德號，德茂號，林洽源、
陳世澎、許光地等行郊為助，集資大銀七千零八十五元，在道光十四年（1834）間
動工興建前殿。六年後（1840）興建後殿，供奉觀世音菩薩。
此次修建留有古式石香爐；
道光十四年(1834)，彰化縣二林洪郁文敬獻的供桌一張，今在後殿。
咸豐二年（1852）金懷德、郭經書、林得祿、許世兩、吳以巳、郭腆、謝經邦、
林日省、陳世澎、洪天同、洪煥彰等地方士紳應信眾要求，分掌宮內各項事務，
並重修前殿、敬聖亭及左廂（今之三官大帝殿）等，
共花費三千餘大銀，至此方完成十八年前興建時所缺。
光緒二年（1876）有陳適均等人，認為本宮無右廂不夠莊嚴，
邀集數家行郊，共捐募千餘圓，補建右廂始成宏觀大廟。
此次留有重建記事碑及馬龍瑞素壁書法及祥龍圖等
重要古蹟文物多項。
百年春秋之後，本宮屢經風吹雨打，各處漸呈老態。
幸有地方士紳顏丁全苦心經營，加上黃和加、黃天成叔侄苦守數十年，
直到昭和八年（1934），神靈顯現聖母慈輝感動眾人，
有鄉紳林永振、陳榮士、顏丁全、林昭頂、陳台烜、
林進、陳清泉等人任董事，向官方（日本政府）申請修建。
當時，原為土庫庄改隸為土庫街，日本人篠崎喜代吉，初代街長，
篠崎氏咸信聖母慈輝以主席身份向官方（日本政府）取得許可，
依古域部落招募金，終成今日風貌。
此次工程請來各方能工巧匠集各類精華於一身。
此次重修工程於昭和十一年（1936）農曆一月十八日興工，
不料動工翌年（1937）中日發生戰爭，旋即爆發二次世界大戰。
聖母神威顯赫，竟能安頓民心，改建工程在那紛亂的世局中順利完成。
昭和十三年（1938）竣工，
同年農曆正月十六日大與慶成之典。
石雕部份有來自唐山的惠安石雕匠師，
日後落籍於本鎮街尾的蔣九（三川殿龍虎對看堵和正殿龍柱為蔣九作品），
以及來自豐原的蔣泉和石舖同場競技（三川殿內間龍柱是其作品，上有落款。）
木作部份有日據時期名震當時的陳應彬弟子胡賢和唐山師父王錦木對場。
交趾陶和剪黏出自北部名匠洪坤福大弟子陳天乞。
眾家名師齊聚一堂把順天宮粉妝，
使其成為雲林中心部位的經典廟宇………
2012年雲林縣政府
公告土庫順天宮為縣定古蹟。
