高雄關稅局馬公支關，隸屬高雄關高雄機場分關，
正式名稱財政部關務署高雄關高雄機場分關離島派出課離島四股，
其辦公廳位於澎湖縣馬公市馬公商港區。
廳舍肇建於日治時期明治39年（1906），
民國89年（2000）經澎湖縣政府公告為縣定古蹟。
清光緒二十一年(1895），大清帝國依據〈馬關條約〉，
將台灣、澎湖群島主權易幟予日本帝國。
日治之初，為管控台灣各處港口交易狀況，僅開放基隆港、
淡水港、安平港、打狗港從事貿易活動，但此政策卻導致台灣各地
民生物資供應不足的狀況，
總督府遂於明治30年（1897）另外開放八處「特別輸出入港」，
澎湖的媽宮港亦在其列。
明治31年（1898）總督府設置「安平稅關媽宮出張所」，
負責管理澎湖地區報關業務，首任所長為藤村好之，於11月15日上任。
明治34年（1901）改制為「安平稅關媽宮支署」。
日領澎湖初期，因媽宮城城牆佇立媽宮港埠區，
船隻貨運裝卸作業不便，且原置城內的稅關廳舍狹隘，
爾後明治40年（1907），澎湖廳決定拆除媽宮城南側城牆，
並將拆卸的土石進行填海造港，
在媽宮港分別構築陸軍棧橋、海軍棧橋和商用棧橋，
又在海埔新生地建造一系列新建築，
諸如要塞、市場（啟明市場）、貨物堆積場、兵器修理廠等，
關稅局的辦公廳亦在此一時期興建。
明治39年（1906），安平稅關媽宮支署辦公廳落成，
位址於媽宮商用碼頭東側（今馬公市中正路與中山路交叉口），
為一磚造且具兩層樓高暸望塔樓的建築物，
建地面積約一千六百餘平方公尺，
被視為澎湖地區最早的洋式官方建築。
媽宮稅關幾經改制，機構名稱時有變動，
大正九年（1920）間，台灣總督府的第八任台灣總督田健治郎
推動行政區域改制，將「媽宮」改易為「馬公」，
稅關地名代稱沿用迄今。
昭和19年（1944），適逢第二次世界大戰末期，
為簡化組織、提升行政效率，該年元月一日將基隆關、高雄關
併入港務局，馬公稅關降級為馬公出張所。
1945年8月戰後，國民政府接收台灣的海關機構，
台灣地區海關業務以濁水溪為界，以北作「台北關」、
以南稱「台南關」，台南關辦公室即沿用原高雄稅關，
其總部仍設於高雄港，
馬公出張所歸屬「台南關」轄區，
因應改稱「台南關馬公支關」。
根據本支關調查研究與修護計畫現場調查與訪談得知，
其建築本體為二個時期所建造而成，
第一時期是在明治39年（1906）所興建，
其牆體材料主要是硓𥑮石，後因其業務量與空間需求之增加，
原空間已不敷使用，於是增建了以紅磚牆體為主的倉庫空間。
日治時期興建之關稅局馬公支關辦事處建築物主體為「洋式」建築物，
正面右側角隅設有二樓高之瞭望塔樓。
門廊立面採用拱門式設計，辦事處前則為巴洛克造形窗戶，
設計成對外業務受付窗口（檯），方便前來洽辦事務的民眾。
屋頂為二種形式組合而成，
在辦公室與倉庫等主體建築部分為「寄棟造屋根」，
在塔樓部分則為「寶形造屋根」。
建築物四周樑柱處，砌築斜柱來加強建築物的結構。
並搭配渦卷形柱頭修飾，
增顯建築物的美感。
民國89年（2000）1月28日，
澎湖縣政府公告「馬公支關」為「縣定古蹟」，
登錄名稱為「高雄關稅局馬公支關」。
