鹽行天后宮的前身「洲仔尾天后宮」,
其創立年代一說是在康熙卅五年(1696),
而《臺南州祠廟名鑑》則寫說是乾隆十四年(1749)。
至於方志的記載,
則可追溯到嘉慶十二年(1807)的《續修臺灣縣志》。
而該廟原本所在的洲仔尾地區,過去曾經位在臺江內海旁,闢有鹽場。
洲仔尾因而繁榮,並使得週邊出現鹽行、渡船頭等聚落。
天后宮即在此背景下,創立於洲仔尾。
此外天后宮的媽祖神像據說是隨鄭經來臺的媽祖,
過去洲仔尾據說有鄭經別墅與陳永華花園,
媽祖神像即被奉祀在陳永華花園中。
陳永華後裔離臺後,媽祖神像仍在花園內,為附近居民所信奉。
直到乾隆年間,花園舊宅殘破不堪,才建新廟供奉,
是為洲仔尾天后宮。
民間傳聞洲仔尾天后宮舊址位於「真珠穴」上,
據學者石萬壽於1970年代訪問當地人士,當地人士稱洲仔尾地區的
地穴有龍穴、虎穴、真珠穴、龜穴、白馬穴五大地穴。
龍穴由保寧宮所佔,龜穴為禹帝廟舊址,
白馬穴經石萬壽推測為鄭其仁墓。
而真珠穴則為天后宮故址。
洲仔尾重要的製鹽產業,在乾隆年間由於暴雨洪水的破壞,
使得洲北場與洲南場兩座鹽場先後遷離洲仔尾。
道光三年(1823)臺江內海消失後,
更使得洲仔尾失去港口機能,
地位逐漸被鹽行取代。
同治元年(1862)臺南地震後,洲仔尾天后宮遭到毀棄,
廟中神像移置鹽行禹帝宮,廟地(一甲九分)也託禹帝宮管理。
戰後,二媽神像被迎回永康,
由洲仔尾、鹽行、大竹林、三崁店四個聚落輪流奉祀。
民國卅七年(1948)四個聚落決定將倒塌廢置多時的洲仔尾天后宮
徹底拆除,將建材分別交由各聚落保管。
而原本託禹帝宮管理的廟地,則因為耕者有其田政策而放領出售。
民國五十七年(1968)在鹽行重新蓋了天后宮後,
才將神像安奉在新的廟中。
民國七十三年(1984),鹽行天后宮再次重建。
並由石萬壽立碑〈重建洲仔尾鹽行天后宮記〉於廟內。
鹽行天后宮前身洲仔尾天后宮是武定里公廟,為洲仔尾、鹽行、
大竹林、北管、花園、大橋、六甲頂、凹仔底、三崁店、埔寮、
東邊寮等聚落所信奉。
但在廢置多年後,今天主要的信仰圈只剩下鹽行、
洲仔尾、大竹林、三崁店四個聚落。
廟中還有依據《續修臺灣縣志》之記載仿古新刻的
〈新建塭岸橋碑記〉碑,記載乾隆三十一年(1766)時任臺灣知府
蔣允焄因洲仔尾地區交通困難,而「捐俸率先」建築洲仔尾
塭岸橋與長堤的事蹟。