二崁聚落除本身地勢較高之外，東、西各有一處台地，
二崁村名就是因為位於上述東、西兩高地之間而來。
本村是一個以陳姓為主的單姓血緣聚落，
據傳開基祖陳延益公在清朝順治年間，自金門下坑（今金湖鎮
夏興）移居澎湖西嶼鄉大池角（今大池村），因當時大池角的
可耕地多已被先期的移民所佔有。
只好遷居到龜山下的海濱（二崁村與竹灣村之間的龜腳灣）。
傳至三代後，因子孫日益增加而分為四房，
以後又為了方便從事農漁的營生。才陸續遷移到現今的位置，
而逐漸形成聚落。
二崁稱社，首見於《澎湖紀略》之記載。
清咸豐年間，二崁陳氏裔孫更加繁茂之後，二崁才真正集居成為「社」。
日治時期稱為西嶼澳二崁鄉，隸屬西嶼澳務署管轄，
之後行政區域屢有變動。戰後與大池、二崁合稱大二村；
民國43年（1954）與大池村分離獨立設村，稱為二崁村迄今。
二崁村於民國90年經內政部指定成為國內第一個傳統聚落保存區，
近年來完成修復的古厝交由「二崁村聚落協進會」充分利用，發展
成為具有在地文化特色的聚落。
民國74年，二崁被政府初定位成「民俗村」，
但因政策備受爭議，修繕計畫被迫停擺；
78年在專家學者建議下，由文建會（現改制為文化部）
出面將之改為「聚落保存」；
80年被行政院列入國家6年建設計畫；82年後陸續展開整修工程，
並於隔年成立「二崁聚落協進會」，協助政府推動聚落保存計畫；
90年由內政部都市計畫委員會，正式指定「澎湖縣西嶼鄉二崁村」
為「傳統聚落特定區」，是國內第一個傳統聚落保存區。
走進二崁聚落，可以發現這裡的民宅多坐西朝東而聚，
形成寬窄交錯的巷道，串連成類似棋盤配置的「梳式布局」，
雖然這裡曾經是300~400人居住的中型聚落，
但良港、沃田均匱乏，村民生活條件一度艱困，
青年壯丁紛紛往外謀生，村內總人口數，約僅剩70餘人，
是個名副其實的迷你社區，也因為如此，
意外保存了二崁的傳統建築。
二崁聚落保存區在1989年被政府定位，
並於1993年規劃後陸續進行各項整修工程迄今，
2001成為傳統聚落特定區並在同年在澎湖縣歷史建築
票選中被選為澎湖縣歷史建築十景之一，
更成為台灣歷史建築百景之一。
