江戶時代，三代將軍德川家光在江戶城丑寅（東北）方，
也就是所謂的鬼門，建立東叡山寛永寺。
之後，寛永寺與芝的增上寺並列為將軍家的墓所。
戊辰戰爭，堅守寛永寺的舊幕府軍彰義隊在此地遭到
新政府軍包圍殲滅（上野戰爭）、伽藍燒毀，這一帶成為廢墟。
1870年，前來上野視察醫學校與醫院預定地的荷蘭醫師博杜恩
向日本政府提出在此地建設公園，
之後於1873年被指定為日本第一座公園。
「上野公園」的町域除了本條目提到的動物園、博物館等設施外，
還包含了東京都立上野高等學校、台東區立忍岡中學校、護國院。
1871年10月作為日本文部省科學博物局的觀覽設施，
上野教育博物館設立於湯島聖堂之內。
1875年4月改稱為「東京博物館」，1877年1月新館的一部分完工，
改稱為「教育博物館」並以此年為博物館創立年。
1889年7月為高等師範學校之附屬並轉移到相鄰接的湯島聖堂之內，
1914年6月從東京高等師範處獨立，改稱為｢東京教育博物館｣。
1930年12月上野新館（現本館）建成。
1931年2月改稱為「東京科學博物館」。
1949年6月根據日本文部省設立法設立「國立科學博物館」。
國立科學博物館的設立目的，是「通過關於自然史的科學及其他
自然科學及其有關應用的調查、研究及有關這方面資料的收集、
保管（包括育成）以及公眾的公開閱覽」等活動，
以達到普及自然科學及社會教育之目的。
上野國立科學博物館設有生物進化、哺乳類進化、日本動植物、
礦物地質和人類等專題展出，有7000萬年前的珍貴展品──肉食恐龍之王
「暴龍」化石，相當吸引人注目，
另有南極探險的庫頁島犬「次郎」和「忠犬八公」的特製標本，
其他動植物標本皆有詳盡的科學人文知識介紹，
細細參觀，宛如閱讀一部豐富的百科全書。
國立科學博物館另設有科學技術發展史專區，
展示從古至今的各類計量和勞動工具，
其中又以「萬年時鐘」、江戶時代的換算天平，以及南極氣象站
所使用的火箭、人造衛星等等，最具代表性，
展覽內容非常豐富……
上野本館於2008年6月被指定為 重點 文化財產，
其部分藏品被指定為國家重點文化財產。
