近代臺南早在荷蘭人來到之前就有漢人在此聚集，
1624年起，荷軍撤出澎湖轉往台灣。
荷蘭東印度公司乃於不受管轄的大員（今臺南市安平區），
建立臺灣本島信史上第一個統治政權，即台江西岸的一鯤鯓沙洲上的
「熱蘭遮城」（今安平古堡），做為在台的統治中心。
接著又在城堡東方，分別興建了「臺灣街」（於今延平街一帶）
和「普羅民遮街」（今民權路）。
前者因為歷史久遠，又曾是一條繁盛的商業街，
故素有「臺灣第一街」之稱。
1661年3月底到1662年2月初之間的爆發鄭成功攻臺之役；
延平郡王鄭成功率25,000大軍由金門航渡台灣海峽，由鹿耳門水道進入
台江內海，先攻佔普羅民遮城，然後圍攻熱蘭遮城，終於迫使
荷蘭東印度公司守軍實質投降、退出大員及台灣。
臺灣府城一帶是臺灣最早開發的地區，
在光緒11年（1885）臺灣建省之前，
全臺最高行政中心便位於臺灣府城。
臺南為當時臺灣最重要的經濟貿易中心，
更有府城三郊等商業組織，也讓台灣府城維持了甚久的
台灣首府地位。
清代時臺南已出現產業聚集的現象如：
六條街即是六和境的竹仔街、武館街、大井頭街、帽街、
下橫街與武廟街，販售各式當時民生各式所需物資。
日治初期，臺南仍為傳統中式城池，
1911年起的市區改正至統治末期的臺南都市計畫，
為現代臺南的都市奠定基礎。
1920年，興工的嘉南大圳（官佃溪埤圳），灌溉區域涵蓋當時
嘉義廳、臺南廳等地，嘉南大圳完工通水後，耕地形態產生變化，
土壤改善，農作物生產結構隨之改變，使嘉南平原成為稻米產地，
土地生產力增加，作物收穫量提高，土地買賣價格及租佃價格亦
同時提升，國家財政收入土地稅收也明顯增加。。
日治時期末期臺南分為臺南市 (州轄市)及
臺南州（新豐郡、新化郡、曾文郡、北門郡、新營郡）。
戰後時期改臺南州為臺南縣，
州轄臺南市改制為省轄市，從而與臺南縣分離；
1946年，臺南縣安順鄉併入臺南市，改為安南區，
形成了省轄市時期的行政區範圍。
在此時期，原城區週圍闢建了許多眷村。
1950年，雲林、嘉義完全與「台南縣」分家。
1950~60年後，臺南市先後於仁和、安平工業區發展輕工業。
然而此時南鄰高雄市快速崛起，並於1979年改為直轄市，
臺南市經濟發展相對受限。
1968年起臺南市政府開始市地重劃，同時因城區向東發展、
東鄰的臺南縣永康工業發達，使得永康人口快速增加，
並與東區相連一片。
2010年12月25日，
臺南縣市合併改制為直轄市，名為臺南市。
