在《宗教臺帳》一書中，記載凌雲禪寺占地約有9200坪，氣勢與規模甚大，
曾於大正三年（1914）和大正七年（1918）整修增築，因加入日本臨濟宗妙心寺派稱
「臨濟宗妙心寺派觀音山凌雲禪寺」，
開觀音山派（凌雲寺派），與基隆月眉山派、大湖法雲寺派、高雄大崗山派並稱
日治時期台灣佛教四大門派、四大名山，並曾經當選為台灣八景之一。
大正十五年（1926），日本佛教界由各地佛寺募捐數尊石雕觀音像來台，
在內巖（凌雲寺）與外巖（五股西雲寺）之間的道路上設置「台北西國三十三所靈場」，
即今「石佛古道」。
民國81年（1992），9月9日凌晨，禪寺後山崩塌，土石壓毀後殿。
民國82年（1993），6月5日下午發生第二次山崩，石塊泥漿沖入後殿。
開山凌雲寺是五股鄉歷史最悠久的寺廟，建於乾隆4年（1739）。
前身名為「凌雲古剎」，主祀「南海觀音佛祖」，俗稱「內岩（巖）」，
後來因毀壞而寄祀於同在觀音山上之西雲寺（大士觀），稱為「外巖」或
「龜山巖」、「獅頭巖」，與「內巖」凌雲禪寺相對應，
於1816年才又迎回安座。
位在五股鄉的凌雲禪寺有兩座前身，分別為凌雲古剎及凌雲禪寺，
現今的凌雲禪寺指得是後者。
凌雲禪寺又稱為「內巖」，與有「外巖」之名的西雲岩寺對稱，
寺院以供奉有千手千眼觀世音菩薩為主，是東南亞最巨大的室內供佛，
並奉祀有地藏王菩薩、目蓮尊者及觀世音菩薩。
後殿的大陀螺尼殿為明治四十二年（1909）所建，
寺正殿立面為洋樓式，
是一般台灣廟宇少見的格局。
