本願寺，是日治時期建於新起町的淨土真宗本願寺派佛寺，
過去正式名稱為淨土真宗本願寺派臺灣別院。
建物群位於今萬華區中華路一段西側、長沙街與貴陽街之間。
戰後原址成為理教公所和一群違建，
發生多次火災後，拆建復原其遺址。
日治時期1895年，從軍布教使、軍隊慰問兼開教視察使渡臺。
1896年開始布教，並設立臺北教會。1897年時，買收新築用地
並創設婦人會，同時也開設龍谷學校。
1899年，臺北布教所獲得公認。
新築工程則開始於1900年。
布教所在1901年昇格為臺北別院，並且入座木佛本尊。
1903年時布教所成立少年教會。
1910年，成德學院開院，且開始蕃界布教。
1913年，發行雜誌《慈光》，並廢撤蕃界布教使。
少年教會在1915年時改稱日曜學校。
1916年時，再創設大稻埕本島人布教所。
前法主大谷光瑞在1917年時視察臺灣。1922年，成德學院讓渡總督府。
1923年，御廟所、鐘樓、會館完工，1924年輪番所（指佛院的負責人或
住持的宿舍）落成。
1925年，臺北別院舉行了開教三十年紀念傳道，
同年創立樹心幼稚園。
1929年改稱臺灣別院。
1930年舉行新築起工式，1931年上棟。
1932年本堂正式落成，並舉辦入佛式與報恩講；
同年西本願寺派的王兆麟在臺南開設臺南家政女學校
（今臺南市私立光華高級中學）。
西本願寺在當時有弘法傳教、舉辦法會、舉辦演講、
存放和護送遺骨回到日本、為亡者舉辦葬禮等功能，
曾經舉辦臺灣總督佐久間左馬太、臺北縣知事橋口文藏、
臺灣第一代西畫家陳植棋的追悼會、臺北市協議會員張福老的公弔會、
臺灣工業學校校長吉田佐次郎的葬禮，
與臺灣總督府民政長官祝辰巳的逝世一週年法會。
此外由於本願寺派推動社會事業，
也提供緊急避難收容救護、教育的功能，
例如：樹心幼稚園、日曜日學校、青年會皆使用樹心會館，
又樹心佛教婦人會也曾於西本願寺舉行多次活動，
成為另一種型態的社交場所，
故西本願寺在日治時期可謂具備多元功能。
戰後，西本願寺部份建築為理教、軍方。
建築旁邊則有聯勤被服廠、反共救國軍及大陳島撤退的軍民居住，
帶有濃厚眷村色彩，曾成為軍隊傷兵收容所、樂團與宗教團體等
短期進駐使用的空間。
此時期日本佛寺功能消失，中華新村和理教公所出現，
但因為使用者組成複雜、出入流動頻繁，以及搭建臨時住宅、
未有維護保存意識導致西本願寺建築保存環境不良，
甚至引發火災燒毀部分建築，
本堂等大部分建築即於1975年焚燬。
2006年市政府指定殘存的西本願寺鐘樓、樹心會館為市定古蹟，
輪番所、參道、本堂臺座、御廟所等遺蹟為歷史建築。
2011年5月臺北市政府工務局公園路燈工程管理處開始整修，
2013年7月開放民眾參觀。
