昔時學甲為平埔族西拉雅族居住，
明永曆十五年，鄭成功來台驅荷，置兵撫慰居民，
實行墾荒地為良田，蓄精養銳。
時福建、漳泉兩地百姓，忠於明室者，多從鄭成功入台，
內有李、陳、謝、莊、郭、賴、吳、王、林、蔡、侯、戴、蘇等姓，
漸移居宅港、草坔、大灣、頭港、紅茄、新芳、頂洲、中洲等一帶荒野，
經年累月，人口逐漸增加，結成部落，
隨後漳、泉百姓移住者日眾，平埔族人漸循入深山，
學甲遂為漢人居住之地。
大正九年十月一日實行街庄制，廢區置庄，
將中洲、學甲兩區合併為「學甲庄」隸屬於台南洲北門郡，
轄學甲、中洲、宅子港、學甲寮、溪洲子寮等五大字。
頂洲里位於學甲偏北方八掌溪河畔，以郭姓人家聚居此地，
現今分為八房郭，再分支而為郭姓大家族，
日治時期稱之「溪洲子寮」，戰後命名為「頂洲」。
頂洲是在今日行政區三慶里內。
頂洲的地名由來可追溯至三慶里的形成。
三慶里是由頂洲里、紅茄里和新芳里合併而成，包括了
溪洲仔寮（上溪洲、頂溪洲）、紅茄萣、倒風寮（現今的新芳）
和紅蝦港等地。
頂洲里得名於其位置位於北方（頂頭），
因此被稱為「上溪洲」或「頂溪洲」。
戰後改為「頂洲」，而在1968年，隨著學甲的升格為鎮，
地名也更動為「頂洲里」。
頂洲部落的郭姓祖先共有七房，頂洲里是二房，紅茄里是三房，
因兄弟分配不同的角落，日後的機緣與造化，而形成現今各俱特色
的村落風情。
省議員郭秋煌日式建築的故居也位於頂洲里境內，
頂洲擁有一項傳承已久的民俗活動，稱為「放鴿笭」，
2014年獲列為臺南市定民俗。
