太平境基督教會建築有白色三角屋脊、五角窗形、
拱形的多角屋頂，有著濃厚的教會風格。
本教會是英國長老教會以醫療傳道，將基督的福音傳來台灣之
紀念教會，是全台最早的教會，也是台灣基督長老教會的
設教紀念教會。
1865年5月27 日，英國母會首任宣教師馬雅各醫生
（Dr. James L. Maxwell, M. D.）奉使來台，選定台南為
英國長老教會台灣宣教中心。
同年6月16日，馬雅各醫生在府城西門外的看西街租屋
（原仁愛街43號），前面當教堂，後面設醫館，與助手開始
傳道與醫療，此為本會創設之始。
但是當時民風守舊，創設才23天即受到迫害，馬雅各醫生
被迫退到有英國領事保護的旗後，等待機會回府城。
這是本會第一次遷徙，也是旗後教會時代的開始。
馬雅各醫生不肯浪費時日，在旗後再開設醫館與教堂繼續宣教，
福音漸漸傳揚，1867年分設埤頭教會。
1868年發生埤頭教會迫害事件，
馬雅各醫生即將旗後、埤頭等打狗宣道區移交給李庥牧師，
於1868年12月25日連夜趕回府城，這是本會的第二次遷徙，
也是旗後時代的結束。
1869年初在許厝設醫館與教堂（今博愛派出所附近）。
同年6月又在亭仔腳街租屋開設教堂（今青年路111號），完成
「台灣府宣教中心」之規劃。
後來福音廣傳，信徒日增，教堂容納不下，
於1896年購買亭仔腳教堂毗鄰的兩棟房屋擴建為
禮拜堂，未久再逢都市計劃要拓寬清水町（青年路），
教堂被拆三分之一，
1901年吳道源執事奉獻太平境堂地，
並由眾信徒以及巴克禮牧師（Rev. Thomas Barclay, D. D.）
代向母會女宣籌募，各捐二千餘圓，
於1902年9月13日新堂竣工，
由英國母會贈碑，命名為
「馬雅各紀念教會」（Maxwell Memorial Church），
經歷三次遷徙終告穩定，從此教勢興隆，
直至1951年「和會」議決重建新的禮拜堂，
於1954年6月20日改建為現貌。
