湄洲媽祖祖廟始建於北宋雍熙四年（987），原始小廟(神女祠)
位於祖廟寢殿後方，是世界上最早的媽祖廟。
天聖年間（1023）開始擴建，此時的祖廟已初具規模。
元朝時，媽祖祖廟得到進一步的擴建。
洪希文在《題聖墩妃宮》詩中，描寫了「粉牆丹住輝掩映，華表茸突過飛巒」的景象，
反映出媽祖廟的建築情況。
在明朝時，媽祖祖廟又得到進—步擴展。
洪武七年（1274）泉州街指揮周坐主持重建寢殿、香亭、鼓樓、山門。
永樂初年（1403），鄭和下西洋時，因媽祖庇佑有功，奉旨遣官修整祠廟。
宣德六年（1431）鄭和最後一次下西洋之前，親自與地方官員備辦木石，
再次修整祖廟。
清朝康熙二十年（1681）遷界令撤銷後重修。
康熙二十二年（1683）福建總督姚啟聖重建鐘鼓樓和山門，又把朝天閣改為正殿，後
因姚啟聖封為太子太保、兵部尚書，所以人們也稱正殿「太子太保殿」、「太子公殿」，
後簡稱為「太子殿」。
康熙二十三年（1684）靖海侯施琅增建梳妝樓、朝天閣、佛殿、僧房，
按石祖廟又建中殿、觀音亭、土地廟等，
當時有五組建築群，殿堂樓閣十六座，客房齋堂等建築九十九間，
規模宏大。
湄洲祖廟惜已於文化大革命期間全毀。
1980年代以來，海內外信徒捐資對湄洲祖廟進行重建，
臺灣信徒捐獻為最多，
現有建築基本都是文革後所重建的廟貌。
「太子殿」原為「朝天閣」，
因清康熙時，太子太保姚啟聖以羅盤估算，認為風水不當，故構工將此閣改為正殿。
但信徒並不領情，依然以寢殿為「正殿」，故稱此殿為「太子太保殿」、「太子公殿」。
後逕稱「太子殿」。
神昭殿原為「正殿」。
太子太保姚啟聖遷徙正殿，以此殿作為「寢殿」，但善信皆稱此殿為「正殿」。
有清雍正帝御筆匾額「神昭海表」，故又稱「神昭殿」。
門殿石柱上還有明代莆田才子戴大賓所寫的
「齊齊齊齊齊齊齊齊齊齊戒，朝朝朝朝朝朝朝朝朝朝音」對聯，頗為趣味，
其中的 第二、第四、第七、第十字的「齊」與「朝」字，分別讀為「齋」和「潮」，
即「齋戒」、「潮音」之意。
神女祠[緊臨升天古跡旁，寢殿後方有間小廟，即是祖廟發源地，
世界上最早的媽祖廟，名為「神女祠」。
在媽祖羽化升天後，湄洲島民就在媽祖升天處旁建立一間小廟祭祀媽祖，
在文革期間神女祠險遭破壞，在島民的極力保護下倖免於難。
相傳此處是媽祖升天之處。
明代住持僧「照乘」在崖上刻「升天古蹟」四字。
太子太保姚啟聖將「朝天閣」改為「太子殿」後，
「朝天閣」不復在。
靖海侯施琅又新建了朝天閣。
