1894年，大清與日本因為朝鮮的主權問題而爆發甲午戰爭。
次年4月17日大清與日本簽訂「馬關條約」。
清廷一方面承認朝鮮獨立；
另一方面也將遼東半島、台灣及澎湖列島割讓予日本。
5月17日，該條約生效，台灣與澎湖歸屬日本領土，
惟最後遼東半島因俄、德、法干涉而沒有割讓與日本。
5月21日，台灣總督府成立，樺山資紀成為第一任台灣總督。
在對台灣的教育方面，當時日本政府任命伊澤修二為台灣總督府
第一任學務部長，積極展開普及日語工作，藉以加快同化政策。
基此政策伊澤修二積極於日本本土招募老師前往台灣，
並順利招募到六位老師。
這六位老師分別是：楫取道明、關口長太郎、中島長吉、
桂金太郎、井原順之助、平井數馬。
1895年6月26日，因應八芝蘭一帶文教氣息濃厚，總督府學務部
特地從大稻埕遷至芝山巖惠濟宮，並於該宮後殿開設芝山巖學堂招募
國語傳習生，因此這裡是日治時期的「全台教育發祥地」。
其中，國語即指日語，而傳習生任務即擔任推廣普及日語的責任。
伊澤修二與六氏先生開始招生至9月20日止，
共招台灣本島人21名，分甲 、乙、丙三組，並於惠濟宮後殿內，
由此六位老師對其21名傳習生教授日語。
1896年1月1日，六位任教於芝山巖學堂的老師本想前往台北城內
的總督府慶祝元旦，於中途遭遇台北城內動亂，於是返回學校。
不料，返回山上途中於山下遭遇到數百名抗日人士，
並慘遭斬首殺害（六位老師的金品也被搶光），史稱芝山巖事件。
該事件震驚日本政府，為免爾後招募老師與推廣日語工作困難，
台灣總督府除了積極追捕涉案者，也決定鄭重安葬六位罹難者。
1896年2月1日，台灣總督府將六位遇難老師骨灰安葬於芝山巖
山頂的大樟樹處，並舉行盛大追思典禮。
7月1日台灣總督府於芝山巖山頂設立「學務官僚遭難之碑」，
並由日本內閣總理大臣（首相）伊藤博文親擬碑文及篆字。
該碑文為：
臺灣全島，歸我版圖，革故鼎新，聲教為先，正五位楫取道明等六人，
帶學務，派八芝蘭士林街，專從其事，會土匪蜂起，道明等死之。
時明治廿九年一月一日也。
內閣總理大臣大勳位侯爵伊藤博文書
1903年，台灣總督府再設「台灣亡教育者招魂碑」與「故教育者姓名碑」
於六氏墳墓附近，上面刻著包含六氏先生的所有在台亡故日本教師教育者
之姓名。
1930年，於六氏先生墓地原址附近設立的數十坪大的芝山巖祠落成，
規定每年2月1日為例祭日。
並將「六氏先生」塑造成全台灣日本教育者的精神中心，
即所謂的芝山巖精神。
由於1930年芝山巖祠落成，每年2月1日例祭日，總督府代表及
教育界人士都會參與祭祀典禮，士林公學校全體師生都要到此參拜
並唱頌六氏先生之歌，為每年芝山巖祠之重大典儀。
芝山巖祠舊址，紀念戴笠的雨農閱覽室
1945年，二戰結束。1950年代左右，芝山巖祠連同六氏先生骨灰，
墳墓及相關碑文等文物，被悉數搗毀損壞，原址興建紀念戴笠的雨農閱覽室。
1980年代，芝山巖從軍事管制區除名，眾多遭到破壞歷史文物受到重視。
1995年，士林國小（原芝山巖學堂）百年校慶時，特以一公尺餘的花崗石
重新立六氏先生墓於芝山巖山頂的同歸所附近。
2000年，馬英九市府陸續將「學務官僚遭難之碑」、「台灣亡教育者
招魂碑」、「故教育者姓名碑」等等其相關歷史等文物復原，豎立於
雨農閱覽室附近。
芝山岩事件發生後，芝山巖學堂改為國語學校第一附屬學校，
由於學校名聲響亮，學生甚至遠從新莊、桃園、大溪至此就學，
直至八芝蘭公學校（今士林國小）在1904年完工後，
芝山岩上的校舍才遷出。
1928年6月，台灣教育會召開評議員會，計畫興建芝山巖社（或作
「芝山巖祠、芝山巖神社」）作為御即位大禮記念事業，並委託總督府
技手井手薰設計。
芝山巖社於1929年2月動工，同年12月動工，
1930年1月31舉行新殿祭，同年2月1日舉行鎮座祭。
神社工程是將碑前區域整地擴張，並設立本殿、拜殿手水舍、
鳥居等設施。
神社完工後，再改建了原參道，將南隘們拆除，
改建為120個石台階，當地人又稱之為「百二崁」。
1938年，設置了芝山岩山下的參道（今雨農路）。
2004年，芝山岩北側的軍事情報局彈藥庫彈藥庫經整修後規劃為教育展示
空間，由台北市政府以官辦民營方式委託台北市野鳥學會經營，定名為
「芝山文化生態綠園」，簡稱「芝山綠園」，
並已於2005年12月31日正式開園，開放民眾參觀。
另外，鎌野芳松等真言宗弘法寺信徒於1925年在台北市及郊外等地
設立了台北四國八十八所靈場，芝山岩上曾設有第19至第20番石佛。
目前僅剩餘法船遺構，未見石佛像…….
