萬里區在明鄭時期隸屬天興縣，而後隸屬天興州。
康熙 23 年，隸屬諸羅縣。雍正元年，隸屬淡水廳淡水堡，後隸芝蘭堡。
光緒元年，隸屬基隆廳金包堡。
光緒 21年（明治 28 年）日本治臺，隸屬臺北縣基隆支廳。
明治 30 年廢支廳，改為臺北縣金包里辦務署。
明治 34 年廢縣設廳，隸屬基隆廳金包里支廳。
明治 43 年，擴大廳置，廢基隆廳，併入臺北廳，
隸臺北廳金包里及馬鋉二區。
大正 9 年(1920)，廢廳為州，隸臺北州基隆郡萬里庄，
因為轄區內有頂、中、下萬里加投三地名，故稱萬里。
當時頂萬里加投包含崁腳、苦苓坪、烏塗炭、溪底、冷水堀、大尖山、
土地公坑、鹿堀坪、大坪崙子；中萬里加投包含野柳、龜吼、瑪鋉港口、
中幅子、大湖、粗坑子、湳子、麻斯廩、二坪、大坪、荖寮湖、瑪鋉港內；
下萬里加投包含尪子上天、芎蕉坪、員潭子、清水溪、磺溪子、
公館崙、萬里加投、頂寮、下寮、八斗子、八斗坑內、七甲尾、
國聖埔、灶子坪頂、坑頭。
日治時期全鄉分為 13 保，分別為瑪鋉、龜吼、野柳、八斗、萬里加投、
磺溪、員潭、麻斯廩、湳仔、大坪、溪底、中幅、崁腳；各保設有保正。
光復後廢庄為萬里鄉，隸屬臺北縣基隆區。
民國 39 年廢區，歸入臺北縣。
溪底里昔屬頂萬里加投，
小字有苦苓坪、溪底、冷水堀、大尖山、土地公坑、鹿堀坪。
溪底因位於瑪鋉溪上游，四周高山，剛好又在山底下，
溪谷底下是人們活動、耕種的地方，所以這一帶叫做溪底。
此地居住環境清幽，所屬面積算是全鄉最大的，屬山村。
這裡的人以農作為主，本里土地幾乎有二分之一以上屬於
陽明山國家公園。
黃氏祖籍在漳州府南靖縣六斗，
有族親近年曾去過原鄉圓樓尋祖，回台後向族人告知溪底
黃氏祖先為客屬，在此之前，黃氏並不知家族為客裔。
南靖黃氏先人是在溪底山區開基，繁衍至報導人已有六代，
溪底公廳周圍都是黃氏宗族，並無房頭派下外移的事例。
溪底黃氏設有黃氏宗親會，
過去也曾有俗稱「吃會」的祭祖與敦親活動。
目前群居在溪底的南靖黃氏，已完全不會說客話，
親屬稱謂上，有稱母親為阿姨之說。
萬里區溪底南靖黃氏叢聚順著破碎的山谷地形，
呈現鬆散的散居至小村形態，形成規模不大的單姓村。
溪底南靖黃氏聚落群周邊多山，
田埔有限，聯外路徑亦顯侷限。
在溪底南靖黃氏聚落群中，常見的是五開間乃至七開間的格局，
且有短促護龍環抱的石砌合院。
這些石砌民居在變化頗大的坡地中，順應這樣的建地環境，
間距頗小的比鄰而居，整體景觀頗具風土的趣味性。
落鵝顯明，正身前有凹壽，以及屋宅前有石駁基礎擴充前埕，
皆為臨近區域中，傳統民居常見的作法。
溪底南靖黃氏聚落群的牆體承重應用，
則有採用內外兩層，皆以石砌完成的「合仔石」砌法。
此外，又有內面為土墼，而外觀為石砌，
也就是單面用石砌的「封斗」砌法。
石砌與土墼兼用的民居與公廳，在溪底一帶頗為常見，
石塊砌法在外觀上，有番仔堵、人字堵、平砌等多樣作法，
並用在同一棟民居構築的情形……
