臺南醫院前身為日治時期「臺南州立臺南病院」 (總督府臺南醫院)，
創立於1896年3月30日。民國34年台灣光復，由台灣省行政長官
公署接收，正名為「省立台南醫院」。
88年7月1日，精省後改隸行政院衛生署，
更名為「行政院衛生署台南醫院」。
102年7月23日，配合改制為「衛生福利部臺南醫院」。
日治時期1895年11月，臺南民政支部設立，
廳舍使用清代的巡道署（今永福國小）。
民政支部內設有軍局，由陸軍省醫官看診，此為臺南醫院之始，
是臺南最早的公營大型現代醫院。
明治二十九年(1896)三月於檨仔林街成立「臺南病院」。
同年臺灣總督府擇地於覆鼎金，即清代總鎮署之右營埔為「臺南病院」
預定地，預定地上原觀音(先天派菜堂報恩堂)及媽祖廟宇均被徵收。
明治四十三年(1910)前後新院舍落成。
大正九年(1920)臺灣總督府劃設臺南州，
臺南病院歸屬臺南州廳，故改稱「臺南州立臺南病院」。
1896年3月台灣總督府地方官官制制定後，同年5月改為臺南病院，
醫院診療室位在臺南廳構內，住院則須前往臺南衛戍病院。
1897年5月，改稱臺南縣臺南醫院；
同年11月，臺南廳舍南側的關帝廳街新建臺南醫院本館。
1898年6月，醫院官制改正後，改由臺灣總督府直屬，
故改稱臺灣總督府臺南醫院。
1899年1月，新設傳染病室；同年6月，臺南醫院本館落成；
1901年6月，天地底街的新病房落成，同月移轉至此；
同年7月，關帝廳街的臺南醫院本館改作外來診察所，
天地底街的病室一部分改為醫院廳舍。
1919年9月，新病棟動工；1928年，興建兩層樓病房。
1945年末，國民政府接收臺灣，臺灣總督府臺南醫院在11月
行政長官公署接收後改為臺灣省立臺南醫院。
1948年11月開始修復毀於二次大戰中的日治時期院舍，
而後在1949年12月21日遷回原址。
1968年4月開始興建九層宮殿式醫療大樓（現門診大樓），
於1976年落成，同時將醫院大門位置由成功路改為中山路。
1999年7月1日起，因應臺灣省政府精簡化，
成為直屬行政院衛生署的行政院衛生署臺南醫院。
同年，1915年興建的第五病房拆除，
目前僅留有當初廳舍之東翼。
目前日治時期的臺南醫院仍有遺構
位在隔壁臺南護專內。
