近代臺南早在荷蘭人來到之前就有漢人在此聚集，
1624年起，荷軍撤出澎湖轉往台灣。
荷蘭東印度公司乃於不受管轄的大員（今臺南市安平區），
建立臺灣本島信史上第一個統治政權，
即台江西岸的一鯤鯓沙洲上的「熱蘭遮城」（今安平古堡），
做為在台的統治中心。
接著又在城堡東方，分別興建了「臺灣街」（於今延平街一帶）
和「普羅民遮街」（今民權路）。
前者因為歷史久遠，又曾是一條繁盛的商業街，
故素有「臺灣第一街」之稱。
1661年3月底到1662年2月初之間的爆發鄭成功攻臺之役；
延平郡王鄭成功率25,000大軍由金門航渡台灣海峽，由鹿耳門水道
進入台江內海，先攻佔普羅民遮城，然後圍攻熱蘭遮城，終於迫使
荷蘭東印度公司守軍實質投降、退出大員及台灣。
臺灣府城一帶是臺灣最早開發的地區，
在光緒11年（1885）臺灣建省之前，
全臺最高行政中心便位於臺灣府城。
臺南為當時臺灣最重要的經濟貿易中心，
更有府城三郊等商業組織，也讓台灣府城維持了
甚久的台灣首府地位。
清代時臺南已出現產業聚集的現象如：
六條街即是六和境的竹仔街、武館街、大井頭街、帽街、
下橫街與武廟街，販售各式當時民生各式所需物資。
日治初期，臺南仍為傳統中式城池，
1911年起的市區改正至統治末期的臺南都市計畫，
為現代臺南的都市奠定基礎。
日治時期末期臺南分為臺南市 (州轄市)
及臺南州（新豐郡、新化郡、曾文郡、北門郡、新營郡）。
戰後時期改臺南州為臺南縣，
州轄臺南市改制為省轄市，從而與臺南縣分離；
1946年，臺南縣安順鄉併入臺南市，改為安南區，
形成了省轄市時期的行政區範圍。
在此時期，原城區週圍闢建了許多眷村。
1950年，雲林、嘉義完全與「台南縣」分家。
1950~60年後，臺南市先後於仁和、安平工業區發展輕工業。
然而此時南鄰高雄市快速崛起，並於1979年改為直轄市，
臺南市經濟發展相對受限。
1968年起臺南市政府開始市地重劃，
同時因城區向東發展、東鄰的臺南縣永康工業發達，
使得永康人口快速增加，並與東區相連一片。
2010年12月25日，
臺南縣市合併改制為直轄市，
名為臺南市。
